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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size
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little_lion

木虫 (小有名气)

[求助] 1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size 已有1人参与

Warning: 1-4 interaction between 471 and 590 at distance inf which is larger than the 1-4 table size 2.200 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size

gmx跑md的时候出现这种warning是怎么个意思？怎么解决
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1楼 2014-04-17 09:55:52
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limei921600

新虫 (初入文坛)
我也遇到这样的问题，目前为止还不知道怎么解决，请问这个问题你解决了吗?应该改什么呀？
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6楼2015-10-13 18:29:53
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-17 19:01:35
这个是你的471号原子和590号原子设定了1-4相互作用，但是在跑的过程有由于涨落的原因部分原子的运动速度会很快，使得这两个原子之间的间距超过了1-4相互作用的极限距离了所以给了一个warning。这个waring出现有一定的随机性的，如果你的体系确定没有问题，那可以按照他说的增加table size来防止这个waring。可以把你的mdp设置问题截个图来看看
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gromacs
2楼2014-04-17 10:13:25
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little_lion

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-04-17 10:13:25
这个是你的471号原子和590号原子设定了1-4相互作用，但是在跑的过程有由于涨落的原因部分原子的运动速度会很快，使得这两个原子之间的间距超过了1-4相互作用的极限距离了所以给了一个warning。这个waring出现有一定 ...

我的mdp如下：
title               =  sio2_sol
;define             = -DPOSRES
cpp                 =  cpp
constraints         = all-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator          =  md
dt                  =  0.002    ; ps !
nsteps              =  5000000  ; 10 ns
nstxout             =  100000
nstvout             =  100000
nstfout             =  100000
nstlog              =  10000
nstenergy           =  50000
nstxtcout           =  50000
nstlist             =  10
ns_type             =  grid
coulombtype         =  PME
rlist               =  0.9
rcoulomb            =  0.9
rvdw                =  1.2
pbc                 = xyz
optimize_fft        = yes
nstcomm             = 1
comm-grps           = system
; Berendsen temperature coupling is on
tcoupl              =  v-rescale
tc-grps             =  system
tau_t               =  0.1 ;  0.1  0.1   
ref_t               =  298;  298  298   
; Energy monitoring
energygrps          =  system
; Semiisotropic pressure coupling is now on
Pcoupl              =  Berendsen
Pcoupltype          =  isotropic
tau_p               =  1       ; 1      ; 5      5       5       5
compressibility     =  4.5e-5  ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0       0       0
ref_p               =  1.0     ; 1.0    ; 1.0    0       0       0
; Generate velocites is on at 300K.
gen_vel             =  yes
gen_temp            =  298
gen_seed            =  173529
freezegrps           =BOT
freezedim           = Y  Y  Y
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3楼2014-04-17 10:49:18
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-04-17 19:01:43
引用回帖:
3楼: Originally posted by little_lion at 2014-04-17 10:49:18
我的mdp如下：
title               =  sio2_sol
;define             = -DPOSRES
cpp                 =  cpp
constraints         = all-bonds
constraint_algorithm =  LINCS
integrator          =  md
...

看着没什么问题额，注意下comm_mode这个设置质心移除是不是需要。
你的itp里面应该是写了pairs了，麻烦这个给看一下，特别是那两个原子的
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gromacs
4楼2014-04-17 11:08:57
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