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little_lion木虫 (小有名气)
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1-4 interaction between x and y is larger than the 1-4 table size 已有1人参与
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Warning: 1-4 interaction between 471 and 590 at distance inf which is larger than the 1-4 table size 2.200 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size gmx跑md的时候出现这种warning是怎么个意思？怎么解决 |
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4楼2014-04-17 11:08:57
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我的mdp如下： title = sio2_sol ;define = -DPOSRES cpp = cpp constraints = all-bonds constraint_algorithm = LINCS integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 5000000 ; 10 ns nstxout = 100000 nstvout = 100000 nstfout = 100000 nstlog = 10000 nstenergy = 50000 nstxtcout = 50000 nstlist = 10 ns_type = grid coulombtype = PME rlist = 0.9 rcoulomb = 0.9 rvdw = 1.2 pbc = xyz optimize_fft = yes nstcomm = 1 comm-grps = system ; Berendsen temperature coupling is on tcoupl = v-rescale tc-grps = system tau_t = 0.1 ; 0.1 0.1 ref_t = 298; 298 298 ; Energy monitoring energygrps = system ; Semiisotropic pressure coupling is now on Pcoupl = Berendsen Pcoupltype = isotropic tau_p = 1 ; 1 ; 5 5 5 5 compressibility = 4.5e-5 ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0 0 0 ref_p = 1.0 ; 1.0 ; 1.0 0 0 0 ; Generate velocites is on at 300K. gen_vel = yes gen_temp = 298 gen_seed = 173529 freezegrps =BOT freezedim = Y Y Y |
3楼2014-04-17 10:49:18
little_lion
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