24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2241  |  回复: 13

maijunlin

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
lz好 我也是做IL的,有以下问题 相求解决
在某些文献中,对于bmimPF6这离子液体的全原子力场中,有关F-P-F的键角参数 基本都注明是90度,但是PF6阴离子的结构是一个类似正六面体的,按道理应该还有一个F-P-F在180度时候的参数,但文献中都没有提及过,要是全部直接根据90度的处理,跑出来的结果阴离子的结构根本不是类似正六面体,全部F原子都走到同一边,对此很是困惑,所以在此诚心请教大家,希望问题得到解决。
11楼2015-06-17 10:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

孟广昊

木虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by maijunlin at 2015-06-17 10:33:02
lz好 我也是做IL的,有以下问题 相求解决
在某些文献中,对于bmimPF6这离子液体的全原子力场中,有关F-P-F的键角参数 基本都注明是90度,但是PF6阴离子的结构是一个类似正六面体的,按道理应该还有一个F-P-F在180度 ...

你可以查下其它力场,跑出来结果不对,力场是其中原因之一,还有许多其它原因,例如参数设置或者跑的时间不够。
12楼2015-06-18 09:11:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

maijunlin

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 孟广昊 at 2015-06-18 09:11:39
你可以查下其它力场,跑出来结果不对,力场是其中原因之一,还有许多其它原因,例如参数设置或者跑的时间不够。...

之后我重新再阴离子的itp文件设置了180的角参数 和90度的一致,结构虽然没问题了 但是跑的npt跑不出文献的密度,时间也算是足够长了,只不过文献用的是Mdynamix,有的控温控压或初始构象优化方法 gromacs里面没有, 这一点会有很大影响吗?
13楼2015-06-18 15:39:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

japmail

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,想请教一下离子液体力场怎么改,我看了他们做的,有点迷糊,只是改ITP,和ATP文件么
一个高尚而又纯粹的爷
14楼2015-08-27 10:52:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 孟广昊 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见