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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】讨论离子液体gromacs模拟的人太少了！！！
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maijunlin

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
lz好 我也是做IL的，有以下问题 相求解决
在某些文献中，对于bmimPF6这离子液体的全原子力场中，有关F-P-F的键角参数 基本都注明是90度，但是PF6阴离子的结构是一个类似正六面体的，按道理应该还有一个F-P-F在180度时候的参数，但文献中都没有提及过，要是全部直接根据90度的处理，跑出来的结果阴离子的结构根本不是类似正六面体，全部F原子都走到同一边，对此很是困惑，所以在此诚心请教大家，希望问题得到解决。
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11楼2015-06-17 10:33:02
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孟广昊

木虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by maijunlin at 2015-06-17 10:33:02
lz好 我也是做IL的，有以下问题 相求解决
在某些文献中，对于bmimPF6这离子液体的全原子力场中，有关F-P-F的键角参数 基本都注明是90度，但是PF6阴离子的结构是一个类似正六面体的，按道理应该还有一个F-P-F在180度 ...

你可以查下其它力场，跑出来结果不对，力场是其中原因之一，还有许多其它原因，例如参数设置或者跑的时间不够。
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12楼2015-06-18 09:11:39
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maijunlin

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by 孟广昊 at 2015-06-18 09:11:39
你可以查下其它力场，跑出来结果不对，力场是其中原因之一，还有许多其它原因，例如参数设置或者跑的时间不够。...

之后我重新再阴离子的itp文件设置了180的角参数 和90度的一致，结构虽然没问题了 但是跑的npt跑不出文献的密度，时间也算是足够长了，只不过文献用的是Mdynamix，有的控温控压或初始构象优化方法 gromacs里面没有， 这一点会有很大影响吗？
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13楼2015-06-18 15:39:59
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japmail

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
您好，想请教一下离子液体力场怎么改，我看了他们做的，有点迷糊，只是改ITP，和ATP文件么
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一个高尚而又纯粹的爷
14楼2015-08-27 10:52:23
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