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红颜不美

金虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 990.5
散金: 119
红花: 3
帖子: 449
在线: 173.3小时
虫号: 2973556
注册: 2014-02-17
性别: MM
专业: 理论和计算化学

[求助] NAMD并行计算多少个核合适？已有2人参与

想问一下用NAMD并行计算多少个核合适？我的体系大概会16000个原子，算40ns
我老师说并不是核多了并行速度就快，所以一直没找到合适的核数，用了800个核算并行效果并不好，还没老师臭骂了，大概是又浪费钱了

求大神

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计算模拟biubiu

1楼 2015-08-14 10:35:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

suibingkuai

铜虫 (初入文坛)

应助: 3 (幼儿园)
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专业: 药物化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
红颜不美: 金币+10 2015-08-17 15:18:37

租的服务器吧？
你需要先问清楚那边的服务器是否有InfiniBand。只有装了InfiniBand，NAMD的跨节点并行效率才会高。否则，节点间通讯会严重影响速度。
你的体系完全没必要用800个core，如果有InfiniBand，建议试试64 core、80 core。如果没有，试试单节点24core或16core吧。才40 ns，用不了多久的。

问一下，租的哪里的服务器？