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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD并行计算多少个核合适？
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红颜不美

金虫 (正式写手)

[求助] NAMD并行计算多少个核合适？ 已有2人参与

想问一下用NAMD并行计算多少个核合适？我的体系大概会16000个原子，算40ns
我老师说并不是核多了并行速度就快，所以一直没找到合适的核数，用了800个核算并行效果并不好，还没老师臭骂了，大概是又浪费钱了
求大神
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计算模拟biubiu
1楼 2015-08-14 10:35:47
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suibingkuai

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
红颜不美: 金币+10 2015-08-17 15:18:37
租的服务器吧？
你需要先问清楚那边的服务器是否有InfiniBand。只有装了InfiniBand，NAMD的跨节点并行效率才会高。否则，节点间通讯会严重影响速度。
你的体系完全没必要用800个core，如果有InfiniBand，建议试试64 core、80 core。如果没有，试试单节点24core或16core吧。才40 ns，用不了多久的。

问一下，租的哪里的服务器？
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2楼2015-08-15 10:37:41
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
红颜不美: 金币+10 2015-08-17 15:19:08
本帖内容被屏蔽
3楼2015-08-16 05:20:45
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