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红颜不美

金虫 (正式写手)

[求助] NAMD并行计算多少个核合适? 已有2人参与

想问一下用NAMD并行计算多少个核合适?我的体系大概会16000个原子,算40ns
我老师说并不是核多了并行速度就快,所以一直没找到合适的核数,用了800个核算并行效果并不好,还没老师臭骂了,大概是又浪费钱了
求大神
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计算模拟biubiu
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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红颜不美: 金币+10 2015-08-17 15:19:08
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3楼2015-08-16 05:20:45
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suibingkuai

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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红颜不美: 金币+10 2015-08-17 15:18:37
租的服务器吧?
你需要先问清楚那边的服务器是否有InfiniBand。只有装了InfiniBand,NAMD的跨节点并行效率才会高。否则,节点间通讯会严重影响速度。
你的体系完全没必要用800个core,如果有InfiniBand,建议试试64 core、80 core。如果没有,试试单节点24core或16core吧。才40 ns,用不了多久的。

问一下,租的哪里的服务器?
2楼2015-08-15 10:37:41
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