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Aimee6002

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 429
帖子: 10
在线: 8.3小时
虫号: 2691512
注册: 2013-09-30
专业: 高分子合成化学

[求助] gromacs分析命令

求界面宽度和基团附近水分子数量的分析命令

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1楼 2015-05-13 15:34:23

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angjzy

木虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
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散金: 1491
红花: 5
帖子: 251
在线: 172.3小时
虫号: 647898
注册: 2008-11-06
专业: 药物材料

1，界面宽度取决于你如何定义，例如宽度你可以选取界面两端的原子的index，用g_density 选取计算得到密度曲线，两个顶端值相减就是宽度。
2，集团附近的水分子数量可以用g_select 选取你所设定的cutoff内的水分子index，然后数数就可以得到了

赞一下(1人)

2楼2015-06-25 23:18:35

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

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