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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布

看文献中有end to end distance，也想做一下聚合物分子链两头的距离随时间的变化，以及距离的分布
看手册使用这个命令：
g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n bond.ndx -o dist.xvg
bond.ndx这样写：
[ bond ]
  1   50
（测量atom1和atom50之间的距离）
但是输出的dist.xvg的函数值都是0，不知道我的问题出在哪里了？

我也试过g_bond，这个命令好像只能测量键长，即相邻原子的距离。
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奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-18 10:32:55
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sheva7love

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-18 11:24:08
mengsk: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-05-20 11:53:23
将bond.ndx中的1，50原子分开写，定义成两个组。
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修身齐家治国平天下
2楼2012-05-18 11:07:49
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-18 11:46:03
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:31
试没试过make_ndx呢？我以前计算原子间距离是用这个命令的，设置两个group,分别是你对应的原子序号，然后g_dist
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3楼2012-05-18 11:25:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-18 14:03:26
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:38
赞楼上 zh1987hs 版主，
我也这样做过，就是make_ndx 重新建一个group文件，只含有你所需要的两个原子，其他的group都可以删除，然后在运行g_dist  即可
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4楼2012-05-18 11:48:35
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kindermoon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-19 07:51:44
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:47
嗯，需要index文件，把你要测的原子或者group加进去就可以了
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5楼2012-05-19 05:10:29
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-18 11:48:35
赞楼上 zh1987hs 版主，
我也这样做过，就是make_ndx 重新建一个group文件，只含有你所需要的两个原子，其他的group都可以删除，然后在运行g_dist  即可

求助~~~那请问怎样确定原子的编号呢~~
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6楼2015-05-11 09:12:51
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