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如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布
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看文献中有end to end distance，也想做一下聚合物分子链两头的距离随时间的变化，以及距离的分布 看手册使用这个命令： g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n bond.ndx -o dist.xvg bond.ndx这样写： [ bond ] 1 50 （测量atom1和atom50之间的距离） 但是输出的dist.xvg的函数值都是0，不知道我的问题出在哪里了？ 我也试过g_bond，这个命令好像只能测量键长，即相邻原子的距离。 |
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