应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 4399  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布

看文献中有end to end distance，也想做一下聚合物分子链两头的距离随时间的变化，以及距离的分布
看手册使用这个命令：
g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n bond.ndx -o dist.xvg
bond.ndx这样写：
[ bond ]
  1   50
（测量atom1和atom50之间的距离）
但是输出的dist.xvg的函数值都是0，不知道我的问题出在哪里了？

我也试过g_bond，这个命令好像只能测量键长，即相邻原子的距离。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-18 10:32:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sheva7love

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-18 11:24:08
mengsk: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-05-20 11:53:23
将bond.ndx中的1，50原子分开写，定义成两个组。
赞一下 回复此楼
修身齐家治国平天下
2楼2012-05-18 11:07:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-18 11:46:03
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:31
试没试过make_ndx呢？我以前计算原子间距离是用这个命令的，设置两个group,分别是你对应的原子序号，然后g_dist
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-18 11:25:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-18 14:03:26
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:38
赞楼上 zh1987hs 版主，
我也这样做过，就是make_ndx 重新建一个group文件，只含有你所需要的两个原子，其他的group都可以删除，然后在运行g_dist  即可
赞一下 回复此楼
4楼2012-05-18 11:48:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kindermoon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-19 07:51:44
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:47
嗯，需要index文件，把你要测的原子或者group加进去就可以了
赞一下 回复此楼
5楼2012-05-19 05:10:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笨笨猫123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-18 11:48:35
赞楼上 zh1987hs 版主，
我也这样做过，就是make_ndx 重新建一个group文件，只含有你所需要的两个原子，其他的group都可以删除，然后在运行g_dist  即可

求助~~~那请问怎样确定原子的编号呢~~
赞一下 回复此楼
6楼2015-05-11 09:12:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 mengsk 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +13 111623 2026-04-04 15/750 2026-04-05 19:42 by 朱成玉2017
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:27 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿华中农业大学0710（A）初试329分 求调剂 +4 一名26考研生 2026-04-04 4/200 2026-04-05 10:01 by barlinike
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-30 9/450 2026-04-04 11:04 by 猪会飞
[考研] 求生物学专业调剂-332分 +5 云朵遛弯指南 2026-04-04 5/250 2026-04-04 10:05 by rzh123456
[考研] 400分求调剂 +3 尴尬且挠头 2026-04-04 3/150 2026-04-04 08:41 by jp9609
[考研] 266分，求材料相关专业调剂 +13 哇呼哼呼哼 2026-03-30 15/750 2026-04-03 15:24 by arrow8852
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +19 bradoner 2026-04-01 23/1150 2026-04-03 10:07 by linyelide
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分，求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 求调剂推荐 +3 南山南@ 2026-04-01 3/150 2026-04-02 12:09 by xiaoranmu
[考研] 322求调剂 +5 熹僖XX 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:08 by 求调剂zz
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
[考研] 调剂申请 +8 张张张张zy 2026-03-31 9/450 2026-04-01 08:29 by zjbkx
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 麦恩莉. 2026-03-30 4/200 2026-03-31 14:35 by 记事本2026
[考研] 材料专硕 085600求调剂 +7 BBQ233 2026-03-30 7/350 2026-03-30 17:44 by oooqiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭