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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vesta算原子间距离准确吗？
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leo肖

金虫 (小有名气)

[求助] 用vesta算原子间距离准确吗？

今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致，在origin中a,b,c和各坐标值和vesta的output中一致。想问问大家有没有遇见过这种情况呢？用vesta算原子间距离准确吗？

另外，大家平时一般用什么软件来计算原子间距离呢？
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1楼 2011-05-23 20:01:15
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
leo肖(金币+3): 谢谢回帖交流~~想通过算原子间距大致说明结合强弱 2011-05-23 21:22:29
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 21:27:58
没问题！原子间距还用算？得到坐标之间相减就行，精度肯定够！
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-05-23 20:42:51
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tider

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
leo肖(金币+5): 谢谢回帖交流~恩，那应该在乘的时候产生了误差 2011-05-23 21:24:30
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 21:28:29
会不会是因为origin和vesta的计算精度不一样呢？x1有误差，a有误差，x1再乘以a就有更大的误差了。
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3楼2011-05-23 20:49:06
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cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致，在origin中a,b,c和各坐标值 ...

没遇到过，觉得有点误差是可能的，但不会这么大，如果猜测一下就是你ORIGIN计算可能有问题，譬如你的计算公式是否合适？
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
4楼2011-05-24 05:33:51
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leo肖

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-24 05:33:51:
没遇到过，觉得有点误差是可能的，但不会这么大，如果猜测一下就是你ORIGIN计算可能有问题，譬如你的计算公式是否合适？

谢谢啦，恩，这个误差确实挺大的，之前代过几个简单的坐标用origin这个公式进行计算，结果是对的，我再找几个复杂的代代看，仔细检查检查
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5楼2011-05-24 08:33:24
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tider

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-24 08:33:24:
谢谢啦，恩，这个误差确实挺大的，之前代过几个简单的坐标用origin这个公式进行计算，结果是对的，我再找几个复杂的代代看，仔细检查检查

恩 误差是很大 换点别的算算看吧
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6楼2011-05-24 09:07:04
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致，在origin中a,b,c和各坐标值 ...

我用excel算得是对的阿？
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timeflies..
7楼2011-05-24 19:05:52
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leo肖

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-05-24 19:05:52:
我用excel算得是对的阿？

恩，那我再仔细看看
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8楼2011-05-25 19:15:51
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
leo肖(金币+6): 恩，谢谢啦，原来是这样的，终于弄清楚了 2011-05-26 08:22:03
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 12:30:54
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致，在origin中a,b,c和各坐标值 ...

你这个公式只适合简单立方、简单四方、正交晶系的晶体。
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9楼2011-05-25 20:52:57
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
leo肖(金币+6): 好的，又学会了一招，哈哈 2011-05-26 08:23:04
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 12:31:07
vasp里面的OUTCAR已经打印出来各个原子的最近邻之间的距离。找找"nearest"之类的字眼。
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10楼2011-05-25 20:54:22
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