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leo肖

金虫 (小有名气)

[求助] 用vesta算原子间距离准确吗?

今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致,在origin中a,b,c和各坐标值和vesta的output中一致。想问问大家有没有遇见过这种情况呢?用vesta算原子间距离准确吗?

另外,大家平时一般用什么软件来计算原子间距离呢?
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


leo肖(金币+3): 谢谢回帖交流~~想通过算原子间距大致说明结合强弱 2011-05-23 21:22:29
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 21:27:58
没问题!原子间距还用算?得到坐标之间相减就行,精度肯定够!
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-05-23 20:42:51
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tider

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


leo肖(金币+5): 谢谢回帖交流~恩,那应该在乘的时候产生了误差 2011-05-23 21:24:30
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-23 21:28:29
会不会是因为origin和vesta的计算精度不一样呢?x1有误差,a有误差,x1再乘以a就有更大的误差了。
3楼2011-05-23 20:49:06
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cavediger

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致,在origin中a,b,c和各坐标值 ...

没遇到过,觉得有点误差是可能的,但不会这么大,如果猜测一下就是你ORIGIN计算可能有问题,譬如你的计算公式是否合适?
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
4楼2011-05-24 05:33:51
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leo肖

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-24 05:33:51:
没遇到过,觉得有点误差是可能的,但不会这么大,如果猜测一下就是你ORIGIN计算可能有问题,譬如你的计算公式是否合适?

谢谢啦,恩,这个误差确实挺大的,之前代过几个简单的坐标用origin这个公式进行计算,结果是对的,我再找几个复杂的代代看,仔细检查检查
5楼2011-05-24 08:33:24
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tider

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-24 08:33:24:
谢谢啦,恩,这个误差确实挺大的,之前代过几个简单的坐标用origin这个公式进行计算,结果是对的,我再找几个复杂的代代看,仔细检查检查

恩 误差是很大 换点别的算算看吧
6楼2011-05-24 09:07:04
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致,在origin中a,b,c和各坐标值 ...

我用excel算得是对的阿?
timeflies..
7楼2011-05-24 19:05:52
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leo肖

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-05-24 19:05:52:
我用excel算得是对的阿?

恩,那我再仔细看看
8楼2011-05-25 19:15:51
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
leo肖(金币+6): 恩,谢谢啦,原来是这样的,终于弄清楚了 2011-05-26 08:22:03
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 12:30:54
引用回帖:
Originally posted by leo肖 at 2011-05-23 20:01:15:
今天用vesta计算模型中原子间的距离时发现其结果(2.43071)和在origin中用公式(sqrt((a*x1-a*x2)^2+(b*y1-b*y2)+)^2+(c*z1-c*z2)^2), a,b,c为模型的基矢)计算出来的结果(2.60320)不一致,在origin中a,b,c和各坐标值 ...

你这个公式只适合简单立方、简单四方、正交晶系的晶体。
9楼2011-05-25 20:52:57
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
leo肖(金币+6): 好的,又学会了一招,哈哈 2011-05-26 08:23:04
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 12:31:07
vasp里面的OUTCAR已经打印出来各个原子的最近邻之间的距离。找找"nearest"之类的字眼。
10楼2011-05-25 20:54:22
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