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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】怎样固定原子和距离
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜

[交流] 【求助】怎样固定原子和距离已有5人参与

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

这是gaussian计算输入文件。我想知道怎样固定原子“X”，和固定“X”与“C”之间的距离，在这里面怎么设置命令才能到达那种效果，请高手指点，小弟在此谢过了！
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不停的学习
1楼2010-09-08 09:58:10
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xianweiwang

铁虫 (小有名气)
在原子类型后面加上-1试试
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2楼2010-09-08 10:19:59
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meteoric30

木虫 (正式写手)
★ ★
erylingjet(金币+2):感谢交流！ 2010-09-12 09:40:52
原子序号（1） 原子序号（2） 距离 f
例如  22 23 1.678 f
也可以固定坐标
x 序号 f
例如 x 23 f
你的原子序号我不太清楚   你自己改改就行了  呵呵
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3楼2010-09-08 10:34:31
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2010-09-08 10:34:31:
原子序号（1） 原子序号（2） 距离 f
例如  22 23 1.678 f
也可以固定坐标
x 序号 f
例如 x 23 f
你的原子序号我不太清楚   你自己改改就行了  呵呵

这是固定一个原子还是固定两个原子之间的距离？把这个写在文件最后面吗，需要注意什么格式？
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不停的学习
4楼2010-09-08 10:58:08
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 低调先生 at 2010-09-08 10:58:08:

这是固定一个原子还是固定两个原子之间的距离？把这个写在文件最后面吗，需要注意什么格式？

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

1 6 5.03475 f
注意空格  这是固定2个原子直接的距离   1是c  6是x

[ Last edited by meteoric30 on 2010-9-8 at 11:09 ]
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5楼2010-09-08 11:03:04
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2010-09-08 11:03:04:

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H            ...

固定某一个原子你知道怎么设置吗？
那个距离5.03475怎么算出来的？还是你举的一个例子？
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不停的学习
6楼2010-09-08 11:26:41
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meteoric30

木虫 (正式写手)
低调先生(金币+10): 2010-09-08 12:04:37
引用回帖:
Originally posted by 低调先生 at 2010-09-08 11:26:41:

固定某一个原子你知道怎么设置吗？
那个距离5.03475怎么算出来的？还是你举的一个例子？

5.03475是你给的原子之间的距离
固定一个一个原子
%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

x 原子序号 f


看你固定那个原子了 ，就是那个原子的原子序号
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7楼2010-09-08 11:49:55
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xianweiwang

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在计算gaussian的输入文件中原子的编号是怎么规定的？是否就是.gjf文件中自上而下的从1好开始的还是有别的编号方法？还有就是内坐标的情况下的编号，是否和笛卡尔坐标的原子编号相同。内坐标和笛卡尔坐标自上而下存放原子的顺序是否一致？
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8楼2010-09-09 21:37:45
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by xianweiwang at 2010-09-09 21:37:45:
在计算gaussian的输入文件中原子的编号是怎么规定的？是否就是.gjf文件中自上而下的从1好开始的还是有别的编号方法？还有就是内坐标的情况下的编号，是否和笛卡尔坐标的原子编号相同。内坐标和笛卡尔坐标自上而下 ...

原子编号是用gaussview画图时，里面已经自动有原子编号了。点到每个原子上就能看到各自的编号。后面一个问题就不太清楚了。
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不停的学习
9楼2010-09-10 09:31:35
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xianweiwang

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
因为gaussian输入文件里面，只有原子的类型，其实有gaussianview也不是很好对应的！
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10楼2010-09-10 10:32:49
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