应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】怎样固定原子和距离
151/2返回列表12下一页
查看: 3016  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜

[交流] 【求助】怎样固定原子和距离 已有5人参与

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

这是gaussian计算输入文件。我想知道怎样固定原子“X”，和固定“X”与“C”之间的距离，在这里面怎么设置命令才能到达那种效果，请高手指点，小弟在此谢过了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
不停的学习
1楼 2010-09-08 09:58:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianweiwang

铁虫 (小有名气)
在原子类型后面加上-1试试
赞一下 回复此楼
2楼2010-09-08 10:19:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meteoric30

木虫 (正式写手)
★ ★
erylingjet(金币+2):感谢交流！ 2010-09-12 09:40:52
原子序号（1） 原子序号（2） 距离 f
例如  22 23 1.678 f
也可以固定坐标
x 序号 f
例如 x 23 f
你的原子序号我不太清楚   你自己改改就行了  呵呵
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-09-08 10:34:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2010-09-08 10:34:31:
原子序号（1） 原子序号（2） 距离 f
例如  22 23 1.678 f
也可以固定坐标
x 序号 f
例如 x 23 f
你的原子序号我不太清楚   你自己改改就行了  呵呵

这是固定一个原子还是固定两个原子之间的距离？把这个写在文件最后面吗，需要注意什么格式？
赞一下 回复此楼
不停的学习
4楼2010-09-08 10:58:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 低调先生 at 2010-09-08 10:58:08:

这是固定一个原子还是固定两个原子之间的距离？把这个写在文件最后面吗，需要注意什么格式？

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

1 6 5.03475 f
注意空格  这是固定2个原子直接的距离   1是c  6是x

[ Last edited by meteoric30 on 2010-9-8 at 11:09 ]
赞一下 回复此楼
5楼2010-09-08 11:03:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2010-09-08 11:03:04:

%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H            ...

固定某一个原子你知道怎么设置吗？
那个距离5.03475怎么算出来的？还是你举的一个例子？
赞一下 回复此楼
不停的学习
6楼2010-09-08 11:26:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meteoric30

木虫 (正式写手)
低调先生(金币+10): 2010-09-08 12:04:37
引用回帖:
Originally posted by 低调先生 at 2010-09-08 11:26:41:

固定某一个原子你知道怎么设置吗？
那个距离5.03475怎么算出来的？还是你举的一个例子？

5.03475是你给的原子之间的距离
固定一个一个原子
%chk=123.chk
%nproc=4

#P B3LYP/6-31G OPT FREQ

123

0 1
C                 -1.75862064    0.14655164    0.00000000
H                 -1.40196638   -0.86225842   -0.00000000
H                 -1.40194777    0.65095009    0.87365134
H                 -1.40194777    0.65095009   -0.87365134
H                 -2.82862064    0.14656479    0.00000000
X                  2.23911803    2.15013925   -2.31352296

x 原子序号 f


看你固定那个原子了 ，就是那个原子的原子序号
赞一下 回复此楼
7楼2010-09-08 11:49:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianweiwang

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
在计算gaussian的输入文件中原子的编号是怎么规定的？是否就是.gjf文件中自上而下的从1好开始的还是有别的编号方法？还有就是内坐标的情况下的编号，是否和笛卡尔坐标的原子编号相同。内坐标和笛卡尔坐标自上而下存放原子的顺序是否一致？
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-09-09 21:37:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
引用回帖:
Originally posted by xianweiwang at 2010-09-09 21:37:45:
在计算gaussian的输入文件中原子的编号是怎么规定的？是否就是.gjf文件中自上而下的从1好开始的还是有别的编号方法？还有就是内坐标的情况下的编号，是否和笛卡尔坐标的原子编号相同。内坐标和笛卡尔坐标自上而下 ...

原子编号是用gaussview画图时，里面已经自动有原子编号了。点到每个原子上就能看到各自的编号。后面一个问题就不太清楚了。
赞一下 回复此楼
不停的学习
9楼2010-09-10 09:31:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xianweiwang

铁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
因为gaussian输入文件里面，只有原子的类型，其实有gaussianview也不是很好对应的！
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-09-10 10:32:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 低调先生 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 炎黄贵胄 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭