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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 请问固定原子坐标是不是在CASTEP中不起作用啊？在Dmol3中起不起作用呢？
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Gina88

木虫 (正式写手)

[求助] 请问固定原子坐标是不是在CASTEP中不起作用啊？在Dmol3中起不起作用呢？

请问固定原子坐标是不是在CASTEP中不起作用啊？在Dmol3中起不起作用呢？
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1楼2011-06-15 09:51:26
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★
Gina88(金币+1): 2011-06-15 11:05:54
贺仪(金币+1): 多谢提醒 2011-06-15 14:13:40
Gina88(金币+1): 2011-06-15 15:02:19
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-06-15 09:51:26:
请问固定原子坐标是不是在CASTEP中不起作用啊？在Dmol3中起不起作用呢？

CASTEP中也起作用啊，但是键长之类的要选中Use delocalized internals，且不能做元胞优化
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3楼2011-06-15 10:55:28
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by duyujie442 at 2011-06-15 16:59:58:
castep固定分数坐标可以，不能固定笛卡尔坐标，如果你要固定某一个方向可修改cell文件

请问cell当中怎么改呢？

下面的是cell当中的，应该改哪里呢？

%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
       0       0       0
       0       0       0
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS
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7楼2011-06-15 17:48:38
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普通回帖

o58285880

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Gina88(金币+1): 2011-06-15 11:05:46
Dmol3 中起作用   CASTEP中 不知道
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。。。。。。
2楼2011-06-15 10:08:00
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Gina88

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xujc1983 at 2011-06-15 10:55:28:
CASTEP中也起作用啊，但是键长之类的要选中Use delocalized internals，且不能做元胞优化

如果还想要优化原包怎么办呢？
是不是要先优化原包，然后再固定啊？

我从体材料切出一个纳米线的结构。有两个方向有真空，那是不是这两个方向超胞晶格常数只要满足距离不影响纳米线就可以了，而不再需要优化这两个方向的超胞晶格常数呢？
那剩下的一个方向没有真空，这个方向超胞晶格常数不应该是切的时候的长度吧？是不是应该优化啊？那又怎么优化呢？

谢谢了！
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4楼2011-06-15 15:01:29
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-15 17:06:48
Gina88(金币+1): 2011-06-15 17:45:44
引用回帖:
Originally posted by Gina88 at 2011-06-15 15:01:29:
如果还想要优化原包怎么办呢？
是不是要先优化原包，然后再固定啊？

我从体材料切出一个纳米线的结构。有两个方向有真空，那是不是这两个方向超胞晶格常数只要满足距离不影响纳米线就可以了，而不再需要优 ...

明白你的意思了，我没有这方面的计算经验，不过我认为你完全可以直接进行三个方向上的优化。
毕竟你这直接切出来的，在真空维度上的相互作用与在体相中的不同，应该还是优化下的
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5楼2011-06-15 16:30:10
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duyujie442

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-15 17:06:58
Gina88(金币+2): 2011-06-15 17:46:29
castep固定分数坐标可以，不能固定笛卡尔坐标，如果你要固定某一个方向可修改cell文件
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6楼2011-06-15 16:59:58
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duyujie442

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-06-16 09:58:33
Gina88(金币+2): 2011-06-16 16:43:45
参照：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2525924，需要自己敲入文件，修改好cell文件后run fills
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8楼2011-06-15 20:39:22
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xx4751

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
1158178楼: Originally posted by duyujie442 at 2011-06-15 16:59:58
castep固定分数坐标可以，不能固定笛卡尔坐标，如果你要固定某一个方向可修改cell文件

你好，我用castep 如图中，很明显，Fix Cartesian position 是可以选到某个方向的，但是Fix fractional position是不可以的，到底哪个表示的是分数坐标，也就是沿着基矢方向，我这里好像跟你说的相反啊

未命名.jpg
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9楼2012-11-21 23:49:14
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duyujie442

铁杆木虫 (著名写手)
这个地方不好使，在文件中固定坐标
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10楼2012-11-22 00:05:10
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