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kelvinpolyu

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问96G的内存, 12核, 2.66GHz 的电脑配置, CASTEP能计算最多的原子数 ？

请问96G的内存, 12核, 2.66GHz 的电脑配置, CASTEP 能计算最多的原子数 ？计算时间? 谢谢
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1楼2011-11-03 02:52:18
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avast2009

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【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流经验，但下次希望注意说话方式，呵呵 2011-11-03 20:19:03
靠，这配置应该很猛了
我4核，8G跑80多个原子要三天，感觉你这个应该能算更多原子吧
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2楼2011-11-03 09:22:09
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renmingjun

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by avast2009 at 2011-11-03 09:22:09:
靠，这配置应该很猛了
我4核，8G跑80多个原子要三天，感觉你这个应该能算更多原子吧

您好！我是一个新手，以前没怎么接触过MS，老板想搞计算，主要做燃料电池催化剂，计算内容为过渡金属催化剂的DOS，也有可能应用DMOL3进行小分子催化分解的相关计算，不知道要怎么样的配置才能合适啊?
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4楼2011-11-03 11:21:18
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lbambool

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-11-03 20:20:09
kelvinpolyu(金币+1): 2011-11-06 00:05:23
能算多少原子主要由内存大小决定，算多久主要由CPU数量和主频决定，同时两方面又都和体系的电子复杂程度和计算精度有关，一般来说，96G内存castep可以算600-800个原子吧，简单的一点的估计可以算到1000个，不过12个核心，算600个可能就得十天左右或更长吧。200-500个原子一般用不了一个月，除非你精度设置特别高。
CPU： 内存按1：8配，这是标准配置
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yuanleishi
Θ抚琴闹市外，独闲山水间Θ
8楼2011-11-03 14:27:52
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sunboyccc

铁杆木虫 (正式写手)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-12-15 13:13:16
引用回帖:
13楼: Originally posted by souledge at 2011-12-14 20:10:57:
具体的内存分配方式可以看CASTEP的输出文件，里面有提到总共多少个node参与计算，这些node又被分为多少个group，而每个node的平均使用内存为多少。
如果用过PWscf的话，应该能体会到，这个差别是在于pool的个数 ...

呵呵，我只是就“单机计算”说一说，并且不同的软件（或相同软件不同版本）或不同系统情况又不同啦，没有涉及小型机多节点计算。
我的感觉：单机、windows系统的情况下，同样是四核或六核CPU，主频越高、性能越好的CPU，需内存越多，对6核2.66GCPU来说，可能对每个核配置8G内存就够，但对六核3.33GCPU来说，每个核需配置16G内存，这就像大师傅需要大的操作空间一个道理。
此外，计算效率方面，众所周知Linux强于Windows，所需内存又不一样，所以配置计算用单机要综合考虑，希望以上对一些虫友能有帮助。
关于Castep输出文件中可以看到内存使用情况应该是在配完机器后，在使用Castep计算后的结果里面出现，那是后话啦。越说越多。。。不好意思
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14楼2011-12-14 22:05:44
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-12-15 13:13:28
fzx2008(金币+2): 谢谢指教 2011-12-15 13:25:13
引用回帖:
14楼: Originally posted by sunboyccc at 2011-12-14 22:05:44:
呵呵，我只是就“单机计算”说一说，并且不同的软件（或相同软件不同版本）或不同系统情况又不同啦，没有涉及小型机多节点计算。
我的感觉：单机、windows系统的情况下，同样是四核或六核CPU，主频越高、性能越 ...

这就是说得单机计算啊……只不过在CASTEP和VASP中都是使用node来表示一个并行进程，而在PWscf、Abinit中则是使用Processor来表示的而已~
尽管软件之间的设计各有不同，但是总的来说对内存的使用规则是一定的，那就是分node（或者processor）并行，并且在node数足够多时为减少对同一个内存有过多进程进行读写，再分组成为不同池的方法。
而作为一个DFT软件，其内存的占用仅仅与K点和K点需要展开的平面波数密切相关。当然，可能还需要点其他的开销，这些开销在K点和平面波面前就几乎可以忽略了，下面是典型的平面波赝势方法的内存开销结构：
CODE:
     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions         1.34 Mb     (   4004,  22)
        NL pseudopotentials             1.47 Mb     (   4004,  24)
        Each V/rho on FFT grid          1.19 Mb     (  77760)
        Each G-vector array             0.24 Mb     (  32031)
        G-vector shells                 0.01 Mb     (   1535)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions         5.38 Mb     (   4004,  88)
        Each subspace H/S matrix        0.12 Mb     (     88,  88)
        Each matrix      0.01 Mb     (     24,  22)
        Arrays for rho mixing           9.49 Mb     (  77760,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms

     starting charge   34.99996, renormalised to   36.00000
     Starting wfc are   26 atomic wfcs

     total cpu time spent up to now is     84.16 secs
     per-process dynamical memory:    22.7 Mb

所以，对于给定的系统，其内存需求是有上限的，并不是说随便给个体系，只要加足够多的内存，就能足够的快一样（当然，很多不懂系统的人，总以为对于只使用2GB内存的前提下，8GB内存会比4GB内存快）。
所以，如果一定要说同核前提下，高频的CPU会使用更多内存，那就只有可能是使用过程中程序根据CPU速度自动判断了分组情况，增加了内存池的数目而已。这个信息在castep输出文件中，完全不算后话。
至于在Windows下和*nix下的速度问题。以CASTEP来说，给出了三种（5.5开始大概是四种）运行模式，其中不使用任何硬盘空间作为缓存的为speed方式。但是就是这个方式，在Windows下运行时，如果内存不是非常多，并且使用的比较古老的对内存管理比较失败的系统（比如XP），那系统就不会完全把程序请求的空间分配在物理内存中，而是选择了一部分放在虚拟内存中。对程序本身来说，这两个部分没有区别，但是从实际来说，这跟选择default甚至memory方法运行本质上区别不大，于是速度变慢。而在*nix下，则是严格先分配物理内存，只有不足时才会分配到swap空间，所以*nix下时，swap空间一般都一直是0%的占用率。
另外，Windows的shell和kernel直接一体化的设计，在图形方面响应很好，但是在分配计算工作时就非常痛苦，所以如果用Windows版的Abinit时，如果使用所有核心计算，系统会卡顿得非常严重，不管CPU是不是很牛X，但是同样的计算在Linux下就流畅得多。
DFT及DFT软件的计算机使用本身是有些不确定性，但是这些不确定性都是在一定的理论范围内的，不至于像LS所说的那样悬忽。
最后，不得不说，支持“内存决定能否计算，CPU决定计算时间”的说法，这个从DFT程序的设计来说是完全合理的论断。
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思想重于技巧，内涵重于表象
15楼2011-12-15 01:23:11
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香水百合519

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-11-03 20:19:17
这个配置算 肯定很快了 不过castep自身算不了太多原子 与电脑配置没多大关系吧
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3楼2011-11-03 10:43:06
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kelvinpolyu

铜虫 (初入文坛)
这配置原子数200 or 500 可以嗎? 在30天可以算完嗎? 謝謝
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5楼2011-11-03 12:23:04
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avast2009

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uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-12-15 13:15:14
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4楼: Originally posted by renmingjun at 2011-11-03 11:21:18:
您好！我是一个新手，以前没怎么接触过MS，老板想搞计算，主要做燃料电池催化剂，计算内容为过渡金属催化剂的DOS，也有可能应用DMOL3进行小分子催化分解的相关计算，不知道要怎么样的配置才能合适啊?

看你要算的原子数量吧，我用的是服务器，主要是性能稳定，如果单机的话，可能i7可能就是不错的cpu了，内存尽量大些
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6楼2011-11-03 13:46:57
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444239852

银虫 (正式写手)

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★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-11-03 20:19:28
我觉得你这个配置太猛那
起码得算一两百个也没问题呀
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7楼2011-11-03 14:22:16
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lbambool

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-11-03 20:20:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by renmingjun at 2011-11-03 11:21:18:
您好！我是一个新手，以前没怎么接触过MS，老板想搞计算，主要做燃料电池催化剂，计算内容为过渡金属催化剂的DOS，也有可能应用DMOL3进行小分子催化分解的相关计算，不知道要怎么样的配置才能合适啊?

DOS计算量稍小一些，如果体系不大的话用PC也可以了，ｉ７　２６００（ｋ）的CPU，主频３.４G，配16G内存，现在一台5000可以配好，配两台或4台组个集群情能比同价位的服务器要好，当钱，如果组里有钱的话就上楼主的双路6 核的服务器，小品牌的3万-4万，名牌的估计5万多吧。
一句话，看钱说话。
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Θ抚琴闹市外，独闲山水间Θ
9楼2011-11-03 14:31:38
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avast2009

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8楼: Originally posted by lbambool at 2011-11-03 14:27:52:
能算多少原子主要由内存大小决定，算多久主要由CPU数量和主频决定，同时两方面又都和体系的电子复杂程度和计算精度有关，一般来说，96G内存castep可以算600-800个原子吧，简单的一点的估计可以算到1000个，不过12 ...

你好，算100个原子，几何优化的话，能量图中曲线一直是上下摆动，不像少原子那样，呈越来越平滑。是不是步数设的不够多呢，我是默认的100步
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10楼2011-11-03 20:50:47
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