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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】表面吸附原子的位置问题！
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shxincui518

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】表面吸附原子的位置问题！已有3人参与

用Castep计算表面问题，吸附上原子后，只想优化原子的Z坐标，xy 坐标固定不动，就选择了modify－constraints，选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y，计算过程中没有优化晶胞（optimize cell），但我现在看吸附原子的xy的分数坐标肯定是变了，奇怪了，我没有优化晶胞，怎么会变化呢？另外，吸附原子后，我把所有原子都固定了，只是来优化吸附原子的z坐标。请各位指教，刚开始做表面问题，谢谢！
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1楼2010-10-25 15:59:30
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cash_ms

木虫 (正式写手)
★
shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
引用回帖:
Originally posted by shxincui518 at 2010-10-25 15:59:30:
用Castep计算表面问题，吸附上原子后，只想优化原子的Z坐标，xy 坐标固定不动，就选择了modify－constraints，选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y，计算过程中没有优化晶胞（optimize cell），但我现在看吸附原子的 ...

我所知道的是这样的，在castep中，通过它的菜单提供的方式限制原子坐标，只能都限制，或者就都不限制，不能只限制其中的某些方向。
我原来就是因为这点，才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某个方向。。
不过，我好像在哪看到过，在castep生成的cell文件中，可以对某个原子的某个方向进行单独限制，具体忘了，你可以上网查查，或者期待高手的解答。
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yuhuashi1
2楼2010-10-25 16:10:39
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shxincui518

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2010-10-25 16:10:39:

我所知道的是这样的，在castep中，通过它的菜单提供的方式限制原子坐标，只能都限制，或者就都不限制，不能只限制其中的某些方向。
我原来就是因为这点，才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某 ...

有道理！这个问题困扰我几天时间了，原来是这么个问题。我看看cell文件。请各位有解决方法给予解决。
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3楼2010-10-25 16:14:05
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cash_ms

木虫 (正式写手)
★
shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
引用回帖:
Originally posted by shxincui518 at 2010-10-25 16:14:05:

有道理！这个问题困扰我几天时间了，原来是这么个问题。我看看cell文件。请各位有解决方法给予解决。

Q3：如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向？
A3：CASTEP计算中只支持Fraction坐标，不支持Coordinate坐标。采用常规方式无法限制原子的移动方向，需要手动修改CASTEP的Cell文件，具体方式如下，在
%BLOCK POSITIONS_FRAC

Al
0.0000000000
0.0000000000
0.0000000000

Al
0.2270171283
0.2094837802
0.5009850469

Al
0.5000000000
0.0000000000
0.5000000000

Al
0.5000000000
0.5000000000
0.0000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
中包括每个原子的分数坐标，请留意每个原子的编号，在下面的计算中会有所帮助。
在Cell文件中，关于原子坐标限制的部分如下：
FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
       1     
Al
   
1

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       2     
Al
   
1

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       3     
Al
   
1

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       4     
Al
   
3

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       5     
Al
   
3

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       6     
Al
   
3

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       7     
Al
   
4

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       8     
Al
   
4

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       9     
Al
   
4

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS
其中包括每行编号（紫色），原子类型（红色），原子编号（绿色）和需要限制的分数坐标（黑色）。如果要限制第二个Al原子不能沿着X方向移动，那么在该部分的设置如下：
       1     
Al
   
1

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       2     
Al
   
1

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       3


Al
   
1

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       4     
Al
   
2

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       5     
Al
   
2

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       6     
Al
   
3

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       7     
Al
   
3

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       8     
Al
   
3

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       9     
Al
   
4

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       10


Al
   
4

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       11   
Al
   
4

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
   
注意，编号要顺次后移，否则会出错，黑色部分分别对应于x、y、z三个方向，完成后，使用Run Files方式即可进行计算。
此外，在
%BLOCK CELL_CONSTRAINTS

1
2
3


4
5
6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS
中可以限制晶胞向量的变化，第一行分别表示三个晶胞参数a、b、c， 第二行表示晶胞角度α、β、γ。上述结构表明参数可以被优化，如果需要加以限制，则需要改为0。
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4楼2010-10-25 16:17:04
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shxincui518

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2010-10-25 16:17:04:

Q3：如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向？
A3：CASTEP计算中只支持Fraction坐标，不支持Coordinate坐标。采用常规方式无法限制原子的移动方向，需要手动修改CASTEP的Cell文件，具体方式如下，在
%BL ...

太ok了！我在网上找了一个，太好了！谢谢！
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5楼2010-10-25 16:35:40
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yuhuashi1

铜虫 (初入文坛)
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Originally posted by cash_ms at 2010-10-25 16:10:39:
我所知道的是这样的，在castep中，通过它的菜单提供的方式限制原子坐标，只能都限制，或者就都不限制，不能只限制其中的某些方向。
我原来就是因为这点，才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某 ...

您好！我刚开始接触dmol，看到您之前的回帖提到dmol优化时可以只限制其中的某个方向。比如限制X,Y方向，只优化Z方向，具体怎么实现呢？是constraints里面固定相应晶格常数吗？优化原胞也不能选吧？呵呵纯属新手，请指教~谢谢啦！
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6楼2011-07-01 18:18:00
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cash_ms

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引用回帖:
Originally posted by yuhuashi1 at 2011-07-01 18:18:00:
您好！我刚开始接触dmol，看到您之前的回帖提到dmol优化时可以只限制其中的某个方向。比如限制X,Y方向，只优化Z方向，具体怎么实现呢？是constraints里面固定相应晶格常数吗？优化原胞也不能选吧？呵呵纯属新手 ...

你先选中你限制的原子，然后再点击菜单中的constraint，好像是第一项atom中吧，可以选择你限制的方向
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yuhuashi1
7楼2011-07-02 14:00:29
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yuhuashi1

铜虫 (初入文坛)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2011-07-02 14:00:29:
你先选中你限制的原子，然后再点击菜单中的constraint，好像是第一项atom中吧，可以选择你限制的方向

恩太感谢啦！！另外，我想优化包的同时保持整个晶胞的xyz方向不变（开始时晶格常数夹角是90 90 60的），该怎么设置啊？
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8楼2011-07-03 15:30:02
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cash_ms

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by yuhuashi1 at 2011-07-03 15:30:02:
恩太感谢啦！！另外，我想优化包的同时保持整个晶胞的xyz方向不变（开始时晶格常数夹角是90 90 60的），该怎么设置啊？

同样的地方，好像有个lattice，同样的设置，固定角度就可以了
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9楼2011-07-03 15:53:51
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yuhuashi1

铜虫 (初入文坛)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2011-07-03 15:53:51:
同样的地方，好像有个lattice，同样的设置，固定角度就可以了

您好，非常感谢！我试过这个设置，可是不管用，选中优化包后弛豫，角度还是发生了变化。下面一段话是help文件里的，是不是晶格常数的设置在dmol中没有作用？不知道哪里出了问题啊...
DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures.
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10楼2011-07-03 18:32:37
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