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shxincui518铜虫 (正式写手)
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【求助】表面吸附原子的位置问题！ 已有3人参与
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| 用Castep计算表面问题，吸附上原子后，只想优化原子的Z坐标，xy 坐标固定不动，就选择了modify－constraints，选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y，计算过程中没有优化晶胞（optimize cell），但我现在看吸附原子的xy的分数坐标肯定是变了，奇怪了，我没有优化晶胞，怎么会变化呢？另外，吸附原子后，我把所有原子都固定了，只是来优化吸附原子的z坐标。请各位指教，刚开始做表面问题，谢谢！ |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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您好，非常感谢！我试过这个设置，可是不管用，选中优化包后弛豫，角度还是发生了变化。下面一段话是help文件里的，是不是晶格常数的设置在dmol中没有作用？不知道哪里出了问题啊... DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
10楼2011-07-03 18:32:37
cash_ms
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shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
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我所知道的是这样的，在castep中，通过它的菜单提供的方式限制原子坐标，只能都限制，或者就都不限制，不能只限制其中的某些方向。 我原来就是因为这点，才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某个方向。。 不过，我好像在哪看到过，在castep生成的cell文件中，可以对某个原子的某个方向进行单独限制，具体忘了，你可以上网查查，或者期待高手的解答。 |
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yuhuashi12楼2010-10-25 16:10:39
shxincui518
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shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
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Q3：如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向？ A3：CASTEP计算中只支持Fraction坐标，不支持Coordinate坐标。采用常规方式无法限制原子的移动方向，需要手动修改CASTEP的Cell文件，具体方式如下，在 %BLOCK POSITIONS_FRAC Al 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 Al 0.2270171283 0.2094837802 0.5009850469 Al 0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000 Al 0.5000000000 0.5000000000 0.0000000000 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 中包括每个原子的分数坐标，请留意每个原子的编号，在下面的计算中会有所帮助。 在Cell文件中，关于原子坐标限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 6 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 7 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 8 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 9 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行编号（紫色），原子类型（红色），原子编号（绿色）和需要限制的分数坐标（黑色）。如果要限制第二个Al原子不能沿着X方向移动，那么在该部分的设置如下： 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 2 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5 Al 2 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 6 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 7 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 8 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 9 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 10 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 11 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 注意，编号要顺次后移，否则会出错，黑色部分分别对应于x、y、z三个方向，完成后，使用Run Files方式即可进行计算。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的变化，第一行分别表示三个晶胞参数a、b、c， 第二行表示晶胞角度α、β、γ。上述结构表明参数可以被优化，如果需要加以限制，则需要改为0。 |
4楼2010-10-25 16:17:04
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