| 查看: 3471 | 回复: 9 | |||
shxincui518铜虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】表面吸附原子的位置问题！ 已有3人参与
|
| 用Castep计算表面问题，吸附上原子后，只想优化原子的Z坐标，xy 坐标固定不动，就选择了modify－constraints，选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y，计算过程中没有优化晶胞（optimize cell），但我现在看吸附原子的xy的分数坐标肯定是变了，奇怪了，我没有优化晶胞，怎么会变化呢？另外，吸附原子后，我把所有原子都固定了，只是来优化吸附原子的z坐标。请各位指教，刚开始做表面问题，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有15人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有18人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有15人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有7人回复
-
朋友圈看到的
已经有9人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有16人回复
-
放榜前的不淡定
已经有17人回复
-
科研孤儿太难了
已经有19人回复
-
明天应该可查了！？
已经有4人回复
-
什么时候开奖？
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 紧急求助vasp5.2 计算氧化铈表面吸附遇到的若干问题
已经有4人回复
- 计算Cl-在Fe表面吸附问题时体系加电荷方法
已经有27人回复
- 两个表面之间作用能或原子吸附能的计算疑惑
已经有9人回复
- 表面吸附
已经有14人回复
- 做表面吸附的同学，请进来看下关于如何考虑相邻吸附原子间的相互作用...
已经有10人回复
- 分子表面吸附 空间结构如何确定
已经有4人回复
- 关于原子位置的问题
已经有25人回复
- 【求助】关于石墨烯吸附锂原子后自旋多重度选择的问题
已经有10人回复
- 【讨论】原子/分子在金属表面的吸附过程中外层轨道初始宽化过程
已经有3人回复
- 【求助】原子在化合物表面的吸附能计算
已经有5人回复
- 【求助】做表面吸附 真空层的确定问题
已经有9人回复
cash_ms
木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2842.8
- 散金: 74
- 红花: 2
- 帖子: 856
- 在线: 507.6小时
- 虫号: 801840
- 注册: 2009-07-01
- 专业: 碳素材料与超硬材料
★
shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
|
我所知道的是这样的，在castep中，通过它的菜单提供的方式限制原子坐标，只能都限制，或者就都不限制，不能只限制其中的某些方向。 我原来就是因为这点，才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某个方向。。 不过，我好像在哪看到过，在castep生成的cell文件中，可以对某个原子的某个方向进行单独限制，具体忘了，你可以上网查查，或者期待高手的解答。 |
yuhuashi12楼2010-10-25 16:10:39
shxincui518
铜虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6094.7
- 散金: 155
- 红花: 3
- 帖子: 669
- 在线: 214.3小时
- 虫号: 538822
- 注册: 2008-04-03
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2010-10-25 16:14:05
cash_ms
木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2842.8
- 散金: 74
- 红花: 2
- 帖子: 856
- 在线: 507.6小时
- 虫号: 801840
- 注册: 2009-07-01
- 专业: 碳素材料与超硬材料
★
shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
|
Q3：如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向？ A3：CASTEP计算中只支持Fraction坐标，不支持Coordinate坐标。采用常规方式无法限制原子的移动方向，需要手动修改CASTEP的Cell文件，具体方式如下，在 %BLOCK POSITIONS_FRAC Al 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 Al 0.2270171283 0.2094837802 0.5009850469 Al 0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000 Al 0.5000000000 0.5000000000 0.0000000000 %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC 中包括每个原子的分数坐标，请留意每个原子的编号，在下面的计算中会有所帮助。 在Cell文件中，关于原子坐标限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 6 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 7 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 8 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 9 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行编号（紫色），原子类型（红色），原子编号（绿色）和需要限制的分数坐标（黑色）。如果要限制第二个Al原子不能沿着X方向移动，那么在该部分的设置如下： 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 2 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5 Al 2 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 6 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 7 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 8 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 9 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 10 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 11 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 注意，编号要顺次后移，否则会出错，黑色部分分别对应于x、y、z三个方向，完成后，使用Run Files方式即可进行计算。 此外，在 %BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6 %ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS 中可以限制晶胞向量的变化，第一行分别表示三个晶胞参数a、b、c， 第二行表示晶胞角度α、β、γ。上述结构表明参数可以被优化，如果需要加以限制，则需要改为0。 |
4楼2010-10-25 16:17:04
shxincui518
铜虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 6094.7
- 散金: 155
- 红花: 3
- 帖子: 669
- 在线: 214.3小时
- 虫号: 538822
- 注册: 2008-04-03
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
5楼2010-10-25 16:35:40
6楼2011-07-01 18:18:00
cash_ms
木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2842.8
- 散金: 74
- 红花: 2
- 帖子: 856
- 在线: 507.6小时
- 虫号: 801840
- 注册: 2009-07-01
- 专业: 碳素材料与超硬材料
7楼2011-07-02 14:00:29
8楼2011-07-03 15:30:02
cash_ms
木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2842.8
- 散金: 74
- 红花: 2
- 帖子: 856
- 在线: 507.6小时
- 虫号: 801840
- 注册: 2009-07-01
- 专业: 碳素材料与超硬材料
9楼2011-07-03 15:53:51
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
|
您好，非常感谢！我试过这个设置，可是不管用，选中优化包后弛豫，角度还是发生了变化。下面一段话是help文件里的，是不是晶格常数的设置在dmol中没有作用？不知道哪里出了问题啊... DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. |
10楼2011-07-03 18:32:37
20