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shxincui518

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】表面吸附原子的位置问题! 已有3人参与

用Castep计算表面问题,吸附上原子后,只想优化原子的Z坐标,xy 坐标固定不动,就选择了modify-constraints,选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y,计算过程中没有优化晶胞(optimize cell),但我现在看吸附原子的xy的分数坐标肯定是变了,奇怪了,我没有优化晶胞,怎么会变化呢?另外,吸附原子后,我把所有原子都固定了,只是来优化吸附原子的z坐标。请各位指教,刚开始做表面问题,谢谢!
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yuhuashi1

铜虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2011-07-02 14:00:29:
你先选中你限制的原子,然后再点击菜单中的constraint,好像是第一项atom中吧,可以选择你限制的方向

恩太感谢啦!!另外,我想优化包的同时保持整个晶胞的xyz方向不变(开始时晶格常数夹角是90 90 60的),该怎么设置啊?
8楼2011-07-03 15:30:02
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cash_ms

木虫 (正式写手)


shxincui518(金币+2):Thanks for your answer! 2010-10-25 16:13:05
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-10-25 18:30:44
引用回帖:
Originally posted by shxincui518 at 2010-10-25 15:59:30:
用Castep计算表面问题,吸附上原子后,只想优化原子的Z坐标,xy 坐标固定不动,就选择了modify-constraints,选择了固定笛卡尔坐标系中勾选x和y,计算过程中没有优化晶胞(optimize cell),但我现在看吸附原子的 ...

我所知道的是这样的,在castep中,通过它的菜单提供的方式限制原子坐标,只能都限制,或者就都不限制,不能只限制其中的某些方向。
我原来就是因为这点,才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某个方向。。
不过,我好像在哪看到过,在castep生成的cell文件中,可以对某个原子的某个方向进行单独限制,具体忘了,你可以上网查查,或者期待高手的解答。

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2楼2010-10-25 16:10:39
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shxincui518

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2010-10-25 16:10:39:

我所知道的是这样的,在castep中,通过它的菜单提供的方式限制原子坐标,只能都限制,或者就都不限制,不能只限制其中的某些方向。
我原来就是因为这点,才用的dmol3算的表面吸附。在dmol中可以只限制其中的某 ...

有道理!这个问题困扰我几天时间了,原来是这么个问题。我看看cell文件。请各位有解决方法给予解决。
3楼2010-10-25 16:14:05
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cash_ms

木虫 (正式写手)


shxincui518(金币+4):Thanks for your excellent help! 2010-10-25 16:35:09
zzy870720z(金币+1):谢谢提供 2010-10-25 18:31:22
引用回帖:
Originally posted by shxincui518 at 2010-10-25 16:14:05:

有道理!这个问题困扰我几天时间了,原来是这么个问题。我看看cell文件。请各位有解决方法给予解决。

Q3:如何在CASTEP计算中限制某个原子的移动方向?
A3:CASTEP计算中只支持Fraction坐标,不支持Coordinate坐标。采用常规方式无法限制原子的移动方向,需要手动修改CASTEP的Cell文件,具体方式如下,在
%BLOCK POSITIONS_FRAC

Al
0.0000000000
0.0000000000
0.0000000000

Al
0.2270171283
0.2094837802
0.5009850469

Al
0.5000000000
0.0000000000
0.5000000000

Al
0.5000000000
0.5000000000
0.0000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC
中包括每个原子的分数坐标,请留意每个原子的编号,在下面的计算中会有所帮助。
在Cell文件中,关于原子坐标限制的部分如下:
FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
       1     
Al
   
1

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       2     
Al
   
1

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       3     
Al
   
1

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       4     
Al
   
3

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       5     
Al
   
3

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       6     
Al
   
3

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       7     
Al
   
4

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       8     
Al
   
4

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       9     
Al
   
4

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS
其中包括每行编号(紫色),原子类型(红色),原子编号(绿色)和需要限制的分数坐标(黑色)。如果要限制第二个Al原子不能沿着X方向移动,那么在该部分的设置如下:
       1     
Al
   
1

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       2     
Al
   
1

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       3


Al
   
1

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       4     
Al
   
2

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       5     
Al
   
2

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       6     
Al
   
3

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       7     
Al
   
3

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       8     
Al
   
3

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
       9     
Al
   
4

1.0000000000
0.0000000000
0.0000000000
       10


Al
   
4

0.0000000000
1.0000000000
0.0000000000
       11   
Al
   
4

0.0000000000
0.0000000000
1.0000000000
   
注意,编号要顺次后移,否则会出错,黑色部分分别对应于x、y、z三个方向,完成后,使用Run Files方式即可进行计算。
此外,在
%BLOCK CELL_CONSTRAINTS

1
2
3


4
5
6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS
中可以限制晶胞向量的变化,第一行分别表示三个晶胞参数a、b、c, 第二行表示晶胞角度α、β、γ。上述结构表明参数可以被优化,如果需要加以限制,则需要改为0。
4楼2010-10-25 16:17:04
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