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muxiachuixue

木虫 (正式写手)

[求助] 求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了

小弟算一个酶催化反应的过渡态，第一步是优化反应模型（65个原子，C/H/O/N/P），氨基酸残基坐标来自晶体结构，配体分子是我随便摆的，现在想固定氨基酸残基截断点的坐标，防止优化过程中氨基酸变化过大，于是将要固定的原子前加-1，opt，出现如下错误：
New curvilinear step failed, DQL= 2.27D-05 SP=-1.06D-01.
OIter  1 Iteration     1 Try  1 RMS(Cart)=  1.33837418 RMS(Int)=  0.10615517
OIter  1 Iteration     2 Try  1 RMS(Cart)=  0.48462652 RMS(Int)=  0.03868199
OIter  1 Iteration     3 Try  1 RMS(Cart)=  0.14237191 RMS(Int)=  0.02029609
OIter  1 Iteration     4 Try  1 RMS(Cart)=  0.14305967 RMS(Int)=  0.02619501
Old curvilinear step not converged, using linear step
OIter  1 Iteration     1 Try  1 RMS(Cart)=  0.00160751 RMS(Int)=  0.00012488
OIter  1 Iteration     2 Try  1 RMS(Cart)=  0.00068394 RMS(Int)=  0.00002980
OIter  1 Iteration     3 Try  1 RMS(Cart)=  0.00013829 RMS(Int)=  0.00002363
OIter  1 Iteration     4 Try  1 RMS(Cart)=  0.00015263 RMS(Int)=  0.00002022
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 05:51:33 2012.
Job cpu time:  5 days  5 hours 52 minutes 14.6 seconds.
而且我查看优化过程中的几个中间结构，发现其实固定的几个原子相对位置都变了！
于是尝试加opt=cartesian；优化了100多步，没优化完，也没出现错误，但是查看坐标相对位置，固定的几个原子相对位置还是变了，虽然变化很小！
现在尝试用内坐标加modredundant，不知可否。问两个问题：
1.如何成功地固定原子进行优化？
2.没优化完的结构打开来看，出现如下错误，提示电荷与自旋多重度不匹配？我设的电荷-4，自旋多重度1，没错啊~不理解；以下附上gjf和out，望大侠不吝赐教！




[ Last edited by muxiachuixue on 2012-2-18 at 19:25 ]
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以无法为有法，以无限为有限
1楼 2012-02-18 19:22:51
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muxiachuixue

木虫 (正式写手)
gjf文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt=cartesian freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_cartesian

-4 1
C                 -7.41401000   -0.97994100   -3.21093900
C                 -6.61418700   -0.53885300   -2.02537000
N                 -7.17639100   -0.33652000   -0.78298000
C                 -5.27034800   -0.25665100   -1.86879000
C                 -6.17035100    0.02671300    0.05746700
N                 -4.99945100    0.09614400   -0.56085800
C                -11.88427500   -0.99792700    0.87376500
C                -11.08435300   -0.60518200   -0.38621300
O                 -9.83345600   -0.46883100   -0.20041400
O                -11.73247900   -0.42804500   -1.43980900
O                  1.70337200   -4.66185600   -1.05342000
C                  2.22561200   -4.36144900    0.02098300
C                  2.51829400   -2.88986100    0.43849900
O                  1.83846300   -1.94779200   -0.39986100
C                  2.11600200   -0.58457000   -0.11556100
C                  1.67886600   -0.22595200    1.32724800
O                  1.88579000    1.15948300    1.60161500
C                  2.38626600   -1.16810000    2.29873100
O                  1.92835200   -0.95207800    3.65160000
C                  2.08212200   -2.62138200    1.90890000
O                  2.69878900   -3.48547100    2.84285800
O                  3.50076700   -0.30614700   -0.26750000
P                  4.08155300    1.07160700   -1.04148400
O                  3.33425300    2.21688100   -0.39821200
O                  4.08585900    0.88102900   -2.53461700
O                  5.60347000    1.12083600   -0.44276000
P                  7.20145400    0.67758900   -0.61513700
O                  8.00259900    1.88440900   -0.16353000
O                  7.44772600   -0.69261900   -0.04789200
O                  7.38664500    0.52874300   -2.25848800
C                  7.13514900    1.64312000   -3.10543700
H                 -8.26966500   -0.31635400   -3.39010400
H                 -6.78006800   -0.98703800   -4.10376500
H                 -4.48538300   -0.30910400   -2.61140900
H                 -6.33289300    0.22965200    1.10686000
H                -11.32321400   -1.72372300    1.47014100
H                -12.86820400   -1.39217700    0.60831200
H                  3.60317600   -2.73169800    0.35646200
H                  1.50353600   -0.00715800   -0.81812800
H                  0.59572700   -0.39755400    1.43273200
H                  2.49823400    1.54090900    0.93792800
H                  3.47079800   -0.99865900    2.25513900
H                  2.22355800   -1.75183600    4.11383400
H                  0.98103700   -2.74528800    1.94168000
H                  2.76974800   -4.32962600    2.27556200
H                  7.64201400    2.54165000   -2.72302500
H                  6.05720900    1.81090100   -3.20099500
H                 -8.20296000   -0.38704400   -0.55860600
H                 -7.81963000   -1.99044200   -3.07541600
H                -12.02874700   -0.10800400    1.49068600
H                  7.55027300    1.39231100   -4.09348000
H                 -3.05794800    0.60927200    0.06789400
O                 -2.19064000    0.91807300    0.41490700
C                 -3.51988900    2.87999400    0.89678800
C                 -3.60170300    4.16204800    1.44850500
C                 -2.48180600    4.75480700    2.03749000
C                 -1.27566400    4.03972500    2.06005500
C                 -1.17013000    2.75735300    1.51927400
C                 -2.30565300    2.16492100    0.93285900
H                 -4.38470600    2.42287500    0.42972500
H                 -4.54906500    4.69609900    1.40813800
H                 -2.54195500    5.75443000    2.46166900
H                 -0.38746100    4.48515800    2.49876800
H                 -0.20576800    2.25310400    1.54527300
O                  2.61905300   -5.18022100    0.91812000

1 2 1.0 32 1.0 33 1.0 49 1.0
2 3 1.5 4 2.0
3 5 1.5 48 1.0
4 6 1.5 34 1.0
5 6 1.5 35 1.0
6
7 8 1.0 36 1.0 37 1.0 50 1.0
8 9 2.0 10 2.0
9
10
11 12 2.0
12 13 1.0 65 2.0
13 14 1.0 20 1.0 38 1.0
14 15 1.0
15 16 1.0 22 1.0 39 1.0
16 17 1.0 18 1.0 40 1.0
17 41 1.0
18 19 1.0 20 1.0 42 1.0
19 43 1.0
20 21 1.0 44 1.0
21 45 1.0
22 23 1.0
23 24 2.0 25 2.0 26 1.0
24
25
26 27 1.0
27 28 2.0 29 2.0 30 1.0
28
29
30 31 1.0
31 46 1.0 47 1.0 51 1.0
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52 53 1.0
53 59 1.0
54 55 1.5 59 1.5 60 1.0
55 56 1.5 61 1.0
56 57 1.5 62 1.0
57 58 1.5 63 1.0
58 59 1.5 64 1.0
59
60
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2楼2012-02-18 19:27:58
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muxiachuixue

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by muxiachuixue at 2012-02-18 19:27:58:
gjf文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt=cartesian freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_cartesian

-4 1
C                 -7.41401000   -0.97994100   -3.2109 ...

不好意思，写错了，这个才是输入文件
%nprocshared=12
%mem=4000MB
# opt freq b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

initial1_opt+freq_6-31+g(d,p)

-4 1
C               -1   35.74600000   17.70700000   37.06500000
C                0   34.55400000   17.07300000   36.42100000
N                0   33.71300000   16.21900000   37.09900000
C                0   34.06300000   17.16500000   35.16400000
C                0   32.75500000   15.81100000   36.28600000
N                0   32.94400000   16.37000000   35.10600000
C               -1   36.35100000   12.23000000   39.59000000  
C                0   35.34500000   12.95400000   38.70400000
O                0   34.80500000   13.99300000   39.14400000
O                0   35.09900000   12.48100000   37.57000000
O                0   30.05008229   18.16819493   37.00040235
C                0   30.19200000   19.39400000   36.80100000
C                0   29.71700000   19.83800000   35.40200000
O                0   30.84500000   19.59000000   34.47800000
C                0   30.55300000   19.94300000   33.07600000
C                0   29.26000000   19.22600000   32.62500000
O                0   29.00000000   19.60800000   31.28500000
C                0   28.05500000   19.60200000   33.54500000
O                0   26.86400000   18.93900000   33.11100000
C                0   28.43700000   19.11400000   34.95000000
O                0   27.39300000   19.41500000   35.90000000
O                0   30.30000000   21.33400000   32.86000000
P                0   31.19300000   22.65600000   33.07400000
O                0   31.44800000   23.34400000   31.81100000
O                0   32.37400000   22.26500000   33.80900000
O                0   30.20000000   23.61800000   33.89000000
P                0   29.91600000   23.94900000   35.42400000
O                0   28.85600000   24.94800000   35.42400000
O                0   29.69100000   22.74800000   36.18500000
O                0   31.22700000   24.58900000   35.96000000
C               -1   31.71100000   25.80900000   35.39300000
H                0   36.26137112   16.91621446   37.56893534
H                0   36.23792923   18.25830768   36.29107141
H                0   34.46998508   17.74793333   34.36434265
H                0   31.96071532   15.14099832   36.54116580
H                0   36.86206837   12.99186768   40.14069662
H                0   36.89985044   11.57832409   38.94271205
H                0   29.45011886   20.87410038   35.41505577
H                0   31.42755844   19.65406833   32.53142125
H                0   29.38882618   18.16611236   32.69529934
H                0   29.72891881   20.13942462   30.95657156
H                0   27.86180339   20.65415741   33.52176510
H                0   26.14592876   19.14344770   33.71446900
H                0   28.58582374   18.05513240   34.91061856
H                0   27.75118215   19.95416339   36.60894879
H                0   30.87236139   26.46227634   35.27128188
H                0   32.31703394   25.55346377   34.54900705
H                0   33.83353238   15.88732079   38.03466065
H                0   35.49730535   18.42234640   37.82086407
H                0   35.88600556   11.59973646   40.31900483
H                0   32.35305485   26.24353604   36.13045780
H                0   31.96751104   16.63649352   33.53018581
O                0   31.39310568   16.88254181   32.80140688
C                0   32.60136031   15.06120516   31.78645413
C                0   32.81251344   14.26275187   30.66201733
C                0   32.02421115   14.43705893   29.52473184
C                0   31.02340425   15.40939592   29.51196969
C                0   30.81204569   16.20730021   30.63634211
C                0   31.60132781   16.03347904   31.77354474
H                0   33.22327326   14.92391946   32.68284676
H                0   33.60150888   13.49683836   30.67223884
H                0   32.19100051   13.80817139   28.63817768
H                0   30.40194302   15.54660803   28.61516698
H                0   30.02336623   16.97369697   30.62659861
O                0   30.67728943   20.12328595   37.69270408

1 2 1.0 32 1.0 33 1.0 49 1.0
2 3 1.5 4 2.0
3 5 2.0 48 1.0
4 6 1.5 34 1.0
5 6 2.0 35 1.0
6
7 8 1.0 36 1.0 37 1.0 50 1.0
8 9 2.0 10 2.0
9
10
11 12 1.5
12 13 1.0 65 1.5
13 14 1.0 20 1.0 38 1.0
14 15 1.0
15 16 1.0 22 1.0 39 1.0
16 17 1.0 18 1.0 40 1.0
17 41 1.0
18 19 1.0 20 1.0 42 1.0
19 43 1.0
20 21 1.0 44 1.0
21 45 1.0
22 23 1.0
23 24 2.0 25 2.0 26 1.5
24
25
26 27 1.5
27 28 2.0 29 2.0 30 1.5
28
29
30 31 1.0
31 46 1.0 47 1.0 51 1.0
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52 53 1.0
53 59 1.0
54 55 1.5 59 1.5 60 1.0
55 56 1.5 61 1.0
56 57 1.5 62 1.0
57 58 1.5 63 1.0
58 59 1.5 64 1.0
59
60
61
62
63
64
65
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以无法为有法，以无限为有限
3楼2012-02-18 19:30:31
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追风de老头子

金虫 (正式写手)
楼主，自旋度不是（电荷数+1）吗？？？为什么电荷是-4 而自旋是1呢？？？
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4楼2012-02-18 23:00:45
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追风de老头子

金虫 (正式写手)
我新学量化，有好多地方都不太明白
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5楼2012-02-18 23:01:26
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 追风de老头子 at 2012-02-18 23:00:45:
楼主，自旋度不是（电荷数+1）吗？？？为什么电荷是-4 而自旋是1呢？？？

体系单电子数+1 ，  not charge
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6楼2012-02-19 01:32:57
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
太长了容易扯着淡    从头到位也没看出来你哪里固定原子了  先自己google吧  同时固定原子+moreredu。。。（单词记不主）才有效
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7楼2012-02-19 01:35:40
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muxiachuixue

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-02-19 01:35:40:
太长了容易扯着淡    从头到位也没看出来你哪里固定原子了  先自己google吧  同时固定原子+moreredu。。。（单词记不主）才有效

你好，我昨天刚试过modredundant，用内坐标写输入文件，算到第五步就停了，出现如下错误
Old curvilinear step not converged, using linear step
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 23:59:09 2012.
不知道怎么回事
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以无法为有法，以无限为有限
8楼2012-02-19 10:26:05
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独唱团

金虫 (正式写手)
高斯不是这么用的，不要以为把分子随便摆摆，扔进去就能算出东西来
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9楼2012-02-20 01:42:55
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muxiachuixue

木虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 独唱团 at 2012-02-20 01:42:55:
高斯不是这么用的，不要以为把分子随便摆摆，扔进去就能算出东西来

我是个新手，很多东西都还不懂，请问我写的关键词是不是有问题，还是我的结构要调整一下再固定原子？谢谢！
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以无法为有法，以无限为有限
10楼2012-02-20 03:54:20
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