| 查看: 4151 | 回复: 16 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
muxiachuixue木虫 (正式写手)
|
[求助]
求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了
|
||
|
小弟算一个酶催化反应的过渡态，第一步是优化反应模型（65个原子，C/H/O/N/P），氨基酸残基坐标来自晶体结构，配体分子是我随便摆的，现在想固定氨基酸残基截断点的坐标，防止优化过程中氨基酸变化过大，于是将要固定的原子前加-1，opt，出现如下错误： New curvilinear step failed, DQL= 2.27D-05 SP=-1.06D-01. OIter 1 Iteration 1 Try 1 RMS(Cart)= 1.33837418 RMS(Int)= 0.10615517 OIter 1 Iteration 2 Try 1 RMS(Cart)= 0.48462652 RMS(Int)= 0.03868199 OIter 1 Iteration 3 Try 1 RMS(Cart)= 0.14237191 RMS(Int)= 0.02029609 OIter 1 Iteration 4 Try 1 RMS(Cart)= 0.14305967 RMS(Int)= 0.02619501 Old curvilinear step not converged, using linear step OIter 1 Iteration 1 Try 1 RMS(Cart)= 0.00160751 RMS(Int)= 0.00012488 OIter 1 Iteration 2 Try 1 RMS(Cart)= 0.00068394 RMS(Int)= 0.00002980 OIter 1 Iteration 3 Try 1 RMS(Cart)= 0.00013829 RMS(Int)= 0.00002363 OIter 1 Iteration 4 Try 1 RMS(Cart)= 0.00015263 RMS(Int)= 0.00002022 Old curvilinear step not converged, using linear step Error imposing constraints Error termination via Lnk1e in /home/g09c01/g09/l103.exe at Sat Feb 18 05:51:33 2012. Job cpu time: 5 days 5 hours 52 minutes 14.6 seconds. 而且我查看优化过程中的几个中间结构，发现其实固定的几个原子相对位置都变了！ 于是尝试加opt=cartesian；优化了100多步，没优化完，也没出现错误，但是查看坐标相对位置，固定的几个原子相对位置还是变了，虽然变化很小！ 现在尝试用内坐标加modredundant，不知可否。问两个问题： 1.如何成功地固定原子进行优化？ 2.没优化完的结构打开来看，出现如下错误，提示电荷与自旋多重度不匹配？我设的电荷-4，自旋多重度1，没错啊~不理解；以下附上gjf和out，望大侠不吝赐教！  [ Last edited by muxiachuixue on 2012-2-18 at 19:25 ] |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : initial1_opt_6-31+g(d,p)_fix_nocartesian.gjf
- 附件 2 : initial1_opt_6-31+g(d,p)_fix_nocartesian.out
2012-02-18 19:21:39, 4.92 K
2012-02-18 19:21:41, 441.3 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 经验 |
» 猜你喜欢
华南师范大学广州市光谱分析与功能探针重点实验室诚招青年英才和博士后岗位研究人员
已经有10人回复
-
PbS量子点如何确定浓度
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有266人回复
-
大湾区大学刘天辉课题组招收2026级博士生（与中山大学物理学院联合培养）
已经有22人回复
-
PbS量子点紫外吸收
已经有0人回复
-
求标准卡片Cu0.4In0.4Zn1.2S2 PDF#32-0340
已经有2人回复
-
比利时鲁汶大学与国家留学基金委共同资助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已经有0人回复
-
量子点电致发光器件（QLED）：蓝光量子点（QDs）和纳米氧化锌电子传输材料
已经有0人回复
-
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建
已经有0人回复
-
半透性容器进行高湿或者低湿研究
已经有0人回复
-
伦敦大学学院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光谱、催化相关26年博士生
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Vasp部分原子优化的问题
已经有4人回复
- 求助如何添加原子！！
已经有14人回复
- gaussian优化l103错误求助
已经有3人回复
- crystalmaker软件求助，长原子
已经有3人回复
- 相同原子的坐标顺序对结果有影响吗
已经有3人回复
- 电荷与自旋多重度的问题
已经有5人回复
- 求Ca4Y6（SiO4）6O原子坐标
已经有6人回复
- 电荷和自旋多重度
已经有5人回复
- 通过Q峰确定H原子坐标的问题
已经有7人回复
- 如果没有职称和科研奖因素，你还会搞量子化学吗？
已经有7人回复
- VASP结构优化后，最下面一层固定的原子也移动了，怎么回事？
已经有8人回复
- LaAlO3的原子坐标
已经有6人回复
- 求LaCoO3的原子坐标
已经有7人回复
- 石英管固定床上测定粉末样品，阻力大如何解决？
已经有15人回复
- 求助Fe2O3原子坐标问题，谢谢~
已经有3人回复
- 求助关于原子坐标基矢的选取
已经有8人回复
- 【求助/交流】如何固定IgG
已经有4人回复
- 【求助】加了虚原子要怎么固定键长优化
已经有14人回复
- 【求助】请高人指点，如何人为固定原子占有率
已经有8人回复
- 【讨论】局部优化，固定不了原子
已经有16人回复
- 【求助】我的原子链优化后变成分子团了
已经有8人回复
- 【求助】结构优化时如何将原子位置固定在原胞内
已经有9人回复
- 【求助】怎样固定原子和距离
已经有14人回复
- 【求助】Materials studio 5.0在做优化时能不能固定部分原子坐标？
已经有4人回复
- 【求助】关于dmol中部分原子固定的几何优化问题
已经有10人回复
- 【求助】无序苯环上的C原子距离固定
已经有7人回复
4楼2012-02-18 23:00:45
5楼2012-02-18 23:01:26