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[交流]
【求助】加了虚原子要怎么固定键长优化
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要固定两个分子之间的距离，但是加了虚原子后，固定键长优化行不通。以下是结构：%chk=1104.chk %mem=2GB %nproc=4 #p b3lyp/6-31g opt=(calcfc,modredundant) iop(5/13=1) scf=(maxcycle=300,conver=7) freq=noraman 1104 0 1 C 0.59664992 0.48821521 0.42693091 C 0.84635606 0.51336648 1.80374547 C 2.14280469 0.29685773 2.28389077 C 3.18614039 0.05758973 1.38057063 C 2.93554338 0.03064104 0.00510288 C 1.63684890 0.24400877 -0.48340668 C 1.19428532 -1.31470472 -2.48640981 C 1.33270477 0.15650352 -1.97387796 C 2.31212507 -1.44751262 -3.49115484 N 2.99905011 -0.32040405 -3.62633206 N 2.43776284 0.66570180 -2.83320311 C 2.81486272 2.00614847 -2.98429677 C 3.81457179 2.36603676 -3.91300834 C 2.19341047 3.01334265 -2.21836915 C 4.17532260 3.70420796 -4.06380339 C 2.56748431 4.34977325 -2.38619420 C 3.55726009 4.70873363 -3.30620420 C 2.73982232 -2.67513152 -4.14892638 C 3.85202371 -2.70192643 -5.02003726 C 2.00038938 -3.86108435 -3.96489532 C 4.20529708 -3.87592630 -5.68175280 C 3.46138572 -5.05046583 -5.49202805 C 2.35892413 -5.03648324 -4.63164593 H -0.41109603 0.66246542 0.05763186 H 0.03344135 0.70679495 2.49670176 H 2.34004499 0.32026398 3.35089569 H 4.19526735 -0.10331674 1.74664649 H 3.74685232 -0.13926008 -0.69528379 H 0.23690404 -1.48280782 -2.99480331 H 1.25778771 -2.02863873 -1.65926318 H 0.42084054 0.72767862 -2.18647468 H 4.28561160 1.59081398 -4.50213615 H 1.43856195 2.75884641 -1.48494561 H 4.94560842 3.96447811 -4.78365290 H 2.07914809 5.11219226 -1.78677668 H 3.84308383 5.74780884 -3.43071294 H 4.42455925 -1.79273309 -5.16224422 H 1.14281218 -3.86693456 -3.29994728 H 5.06293326 -3.87938475 -6.34731892 H 3.74039210 -5.96331929 -6.00844567 H 1.77711688 -5.93988888 -4.47746837 N 2.45491315 4.58096923 -6.99365802 C 1.95827721 2.04431373 -7.31907867 C 2.71128627 1.30905222 -8.22835702 C 2.46047475 -0.06208130 -8.42027789 C 1.45564824 -0.70335653 -7.70366079 C 0.91111491 1.41940235 -6.55898632 C 0.65517482 0.02035403 -6.75479424 C 0.12137104 2.13971578 -5.62090844 C -0.87640058 1.50603635 -4.90837559 C -1.12911316 0.12449530 -5.10175572 C -0.38021754 -0.60246948 -6.00475649 C 2.23299451 3.43720019 -7.14221778 C 1.22016841 -2.09836180 -7.91682045 N 1.02290006 -3.24345936 -8.08818353 H 3.49714346 1.79615842 -8.79322687 H 3.05458203 -0.62304418 -9.13181743 H 0.26565330 3.21040860 -5.52572898 H -1.47199824 2.06622026 -4.19572044 H -1.91615155 -0.36168824 -4.53553017 H -0.57297534 -1.65937877 -6.15321705 X 0.46225807 0.52023080 -6.46675795 10 62 3.9000 f 62号原子是加入的虚原子，想要固定10号与62号之间键长，作为两个分子之间的距离。 请各位高手帮帮忙 |
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6楼2011-01-12 20:33:11
7楼2011-01-13 19:34:05
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what about 62 10 3.9 f? 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2789849&pid=263221&page=1#pid263221 62 10 是原子序号 3.9 是要固定的距离 f是固定优化时要写上的 |
8楼2011-01-13 19:36:02
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试过了，老是报错，2070 最下几行为：The following ModRedundant input section has been read: Invalid atom number. 10 62 3.9000 f ? Error termination via Lnk1e in d:\chemsoft\g03w\l101.exe at Thu Jan 13 20:20:55 2011. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 7 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 |
9楼2011-01-13 21:38:31
10楼2011-01-14 06:20:49
11楼2011-01-14 06:27:04
12楼2011-01-14 07:41:35
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但是现在不是多固定几个二面角的问题，就是直接提不上去任务。报错： The following ModRedundant input section has been read: .Invalid atom number 10 62 3.9000 F ? Error termination via Lnk1e in /home/whl/g03/l101.exe at Fri Jan 14 13:09:29 2011. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.3 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 8 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 Invalid atom number不知道这句话是什么意思， |
13楼2011-01-14 14:05:19
daiyulan85(金币+10): bq试过了，还是没有成功，报错L101,昨天刚到家，很久没看了帖子了。还是很感谢你哦 2011-01-17 21:58:44
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前面说了， 要把X改成Bq， 就可以做了 %mem=2GB %nproc=4 #p b3lyp/6-31g opt=(calcfc,modredundant) iop(5/13=1) scf=(maxcycle=300,conver=7) freq=noraman 1104 0 1 C 0.59664992 0.48821521 0.42693091 C 0.84635606 0.51336648 1.80374547 C 2.14280469 0.29685773 2.28389077 C 3.18614039 0.05758973 1.38057063 C 2.93554338 0.03064104 0.00510288 C 1.63684890 0.24400877 -0.48340668 C 1.19428532 -1.31470472 -2.48640981 C 1.33270477 0.15650352 -1.97387796 C 2.31212507 -1.44751262 -3.49115484 N 2.99905011 -0.32040405 -3.62633206 N 2.43776284 0.66570180 -2.83320311 C 2.81486272 2.00614847 -2.98429677 C 3.81457179 2.36603676 -3.91300834 C 2.19341047 3.01334265 -2.21836915 C 4.17532260 3.70420796 -4.06380339 C 2.56748431 4.34977325 -2.38619420 C 3.55726009 4.70873363 -3.30620420 C 2.73982232 -2.67513152 -4.14892638 C 3.85202371 -2.70192643 -5.02003726 C 2.00038938 -3.86108435 -3.96489532 C 4.20529708 -3.87592630 -5.68175280 C 3.46138572 -5.05046583 -5.49202805 C 2.35892413 -5.03648324 -4.63164593 H -0.41109603 0.66246542 0.05763186 H 0.03344135 0.70679495 2.49670176 H 2.34004499 0.32026398 3.35089569 H 4.19526735 -0.10331674 1.74664649 H 3.74685232 -0.13926008 -0.69528379 H 0.23690404 -1.48280782 -2.99480331 H 1.25778771 -2.02863873 -1.65926318 H 0.42084054 0.72767862 -2.18647468 H 4.28561160 1.59081398 -4.50213615 H 1.43856195 2.75884641 -1.48494561 H 4.94560842 3.96447811 -4.78365290 H 2.07914809 5.11219226 -1.78677668 H 3.84308383 5.74780884 -3.43071294 H 4.42455925 -1.79273309 -5.16224422 H 1.14281218 -3.86693456 -3.29994728 H 5.06293326 -3.87938475 -6.34731892 H 3.74039210 -5.96331929 -6.00844567 H 1.77711688 -5.93988888 -4.47746837 N 2.45491315 4.58096923 -6.99365802 C 1.95827721 2.04431373 -7.31907867 C 2.71128627 1.30905222 -8.22835702 C 2.46047475 -0.06208130 -8.42027789 C 1.45564824 -0.70335653 -7.70366079 C 0.91111491 1.41940235 -6.55898632 C 0.65517482 0.02035403 -6.75479424 C 0.12137104 2.13971578 -5.62090844 C -0.87640058 1.50603635 -4.90837559 C -1.12911316 0.12449530 -5.10175572 C -0.38021754 -0.60246948 -6.00475649 C 2.23299451 3.43720019 -7.14221778 C 1.22016841 -2.09836180 -7.91682045 N 1.02290006 -3.24345936 -8.08818353 H 3.49714346 1.79615842 -8.79322687 H 3.05458203 -0.62304418 -9.13181743 H 0.26565330 3.21040860 -5.52572898 H -1.47199824 2.06622026 -4.19572044 H -1.91615155 -0.36168824 -4.53553017 H -0.57297534 -1.65937877 -6.15321705 Bq 0.46225807 0.52023080 -6.46675795 10 62 3.9000 f 10 62 48 90.00 f 62 10 9 90.00 f 10 62 48 47 -90. f 62 10 9 18 90. f 62 47 48 46 180. f [ Last edited by kekexili_08 on 2011-1-14 at 21:48 ] |
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