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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】加了虚原子要怎么固定键长优化
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】加了虚原子要怎么固定键长优化

要固定两个分子之间的距离，但是加了虚原子后，固定键长优化行不通。以下是结构：%chk=1104.chk
%mem=2GB
%nproc=4
#p b3lyp/6-31g opt=(calcfc,modredundant) iop(5/13=1) scf=(maxcycle=300,conver=7) freq=noraman

1104

0 1
C                  0.59664992    0.48821521    0.42693091
C                  0.84635606    0.51336648    1.80374547
C                  2.14280469    0.29685773    2.28389077
C                  3.18614039    0.05758973    1.38057063
C                  2.93554338    0.03064104    0.00510288
C                  1.63684890    0.24400877   -0.48340668
C                  1.19428532   -1.31470472   -2.48640981
C                  1.33270477    0.15650352   -1.97387796
C                  2.31212507   -1.44751262   -3.49115484
N                  2.99905011   -0.32040405   -3.62633206
N                  2.43776284    0.66570180   -2.83320311
C                  2.81486272    2.00614847   -2.98429677
C                  3.81457179    2.36603676   -3.91300834
C                  2.19341047    3.01334265   -2.21836915
C                  4.17532260    3.70420796   -4.06380339
C                  2.56748431    4.34977325   -2.38619420
C                  3.55726009    4.70873363   -3.30620420
C                  2.73982232   -2.67513152   -4.14892638
C                  3.85202371   -2.70192643   -5.02003726
C                  2.00038938   -3.86108435   -3.96489532
C                  4.20529708   -3.87592630   -5.68175280
C                  3.46138572   -5.05046583   -5.49202805
C                  2.35892413   -5.03648324   -4.63164593
H                 -0.41109603    0.66246542    0.05763186
H                  0.03344135    0.70679495    2.49670176
H                  2.34004499    0.32026398    3.35089569
H                  4.19526735   -0.10331674    1.74664649
H                  3.74685232   -0.13926008   -0.69528379
H                  0.23690404   -1.48280782   -2.99480331
H                  1.25778771   -2.02863873   -1.65926318
H                  0.42084054    0.72767862   -2.18647468
H                  4.28561160    1.59081398   -4.50213615
H                  1.43856195    2.75884641   -1.48494561
H                  4.94560842    3.96447811   -4.78365290
H                  2.07914809    5.11219226   -1.78677668
H                  3.84308383    5.74780884   -3.43071294
H                  4.42455925   -1.79273309   -5.16224422
H                  1.14281218   -3.86693456   -3.29994728
H                  5.06293326   -3.87938475   -6.34731892
H                  3.74039210   -5.96331929   -6.00844567
H                  1.77711688   -5.93988888   -4.47746837
N                  2.45491315    4.58096923   -6.99365802
C                  1.95827721    2.04431373   -7.31907867
C                  2.71128627    1.30905222   -8.22835702
C                  2.46047475   -0.06208130   -8.42027789
C                  1.45564824   -0.70335653   -7.70366079
C                  0.91111491    1.41940235   -6.55898632
C                  0.65517482    0.02035403   -6.75479424
C                  0.12137104    2.13971578   -5.62090844
C                 -0.87640058    1.50603635   -4.90837559
C                 -1.12911316    0.12449530   -5.10175572
C                 -0.38021754   -0.60246948   -6.00475649
C                  2.23299451    3.43720019   -7.14221778
C                  1.22016841   -2.09836180   -7.91682045
N                  1.02290006   -3.24345936   -8.08818353
H                  3.49714346    1.79615842   -8.79322687
H                  3.05458203   -0.62304418   -9.13181743
H                  0.26565330    3.21040860   -5.52572898
H                 -1.47199824    2.06622026   -4.19572044
H                 -1.91615155   -0.36168824   -4.53553017
H                 -0.57297534   -1.65937877   -6.15321705
X                  0.46225807    0.52023080   -6.46675795

10 62 3.9000 f

62号原子是加入的虚原子，想要固定10号与62号之间键长，作为两个分子之间的距离。
请各位高手帮帮忙
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1楼 2011-01-11 22:02:26
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mchen10

金虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
what about 62 10 3.9 f?
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2楼2011-01-12 04:26:35
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manson1998

金虫 (著名写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
daiyulan85(金币+1): 2011-01-13 19:57:36
freq=noraman和calcfc重复了吧。。。。
你的错误信息是什么
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3楼2011-01-12 09:00:47
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tangbohejin

木虫之王 (文学泰斗)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
想知道---
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4楼2011-01-12 11:29:16
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kekexili_08

木虫 (正式写手)
★
daiyulan85(金币+1):谢谢参与
daiyulan85(金币+2): 2011-01-13 19:30:06
这个计算相当于什么也没固定。

freq=noraman和calcfc
并不算重复。 不是calcall。

是想做两个平面平行， 固定两平面距离吧？

并不难做。

10 62 3.9000       f
10 62 48 90.00        f
62 10 9   90.00    f
10 62 48 47 -90.  f

基本可以保证两个平面距离不变。

[ Last edited by kekexili_08 on 2011-1-12 at 17:33 ]
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5楼2011-01-12 17:30:47
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manson1998

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by kekexili_08 at 2011-01-12 17:30:47:
这个计算相当于什么也没固定。

freq=noraman和calcfc
并不算重复。 不是calcall。

是想做两个平面平行， 固定两平面距离吧？

并不难做。

10 62 3.9000       f
10 62 48 90.00        f
62 10  ...

im sorry, i made a mistake.
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6楼2011-01-12 20:33:11
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
确实是要固定两个面的距离，谢谢各位的意见，我试一下
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7楼2011-01-13 19:34:05
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
what about 62 10 3.9 f?



本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2789849&pid=263221&page=1#pid263221

62 10 是原子序号 3.9 是要固定的距离 f是固定优化时要写上的
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8楼2011-01-13 19:36:02
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
试过了，老是报错，2070
最下几行为：The following ModRedundant input section has been read:
Invalid atom number.
  10 62 3.9000       f                                                           
                                                                                 
                                                                                 
                 
    ?
Error termination via Lnk1e in d:\chemsoft\g03w\l101.exe at Thu Jan 13 20:20:55 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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9楼2011-01-13 21:38:31
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kekexili_08

木虫 (正式写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-01-14 14:09:06
问题在于用了虚原子X。
把X改成Bq， 就能做了。
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10楼2011-01-14 06:20:49
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mchen10

金虫 (正式写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-01-14 14:05:58
引用回帖:
Originally posted by daiyulan85 at 2011-01-13 19:36:02:
what about 62 10 3.9 f?



本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2789849&pid=263221&page=1#pid263221

62 10 是原子序号 3.9 是要固定的距离 f是固定优化 ...

I mean, put the ghost first, then the real one
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11楼2011-01-14 06:27:04
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kekexili_08

木虫 (正式写手)
daiyulan85(金币+1): 2011-01-14 14:06:04
10 62 3.9000       f
10 62 48 90.00        f
62 10 9   90.00    f
10 62 48 47 -90.  f
62 10 9 18  90. f
62 47 48 46 180. f

这样做更好。
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12楼2011-01-14 07:41:35
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daiyulan85

木虫 (正式写手)
但是现在不是多固定几个二面角的问题，就是直接提不上去任务。报错：
The following ModRedundant input section has been read:

.Invalid atom number
  10 62 3.9000       F                                                           
                                                                                 
                                                                                 
                 
    ?
Error termination via Lnk1e in /home/whl/g03/l101.exe at Fri Jan 14 13:09:29 2011.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      8 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


Invalid atom number不知道这句话是什么意思，
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13楼2011-01-14 14:05:19
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kekexili_08

木虫 (正式写手)
daiyulan85(金币+10): bq试过了，还是没有成功，报错L101,昨天刚到家，很久没看了帖子了。还是很感谢你哦 2011-01-17 21:58:44
前面说了， 要把X改成Bq， 就可以做了
%mem=2GB
%nproc=4
#p b3lyp/6-31g opt=(calcfc,modredundant) iop(5/13=1) scf=(maxcycle=300,conver=7) freq=noraman

1104

0 1
C                  0.59664992    0.48821521    0.42693091
C                  0.84635606    0.51336648    1.80374547
C                  2.14280469    0.29685773    2.28389077
C                  3.18614039    0.05758973    1.38057063
C                  2.93554338    0.03064104    0.00510288
C                  1.63684890    0.24400877   -0.48340668
C                  1.19428532   -1.31470472   -2.48640981
C                  1.33270477    0.15650352   -1.97387796
C                  2.31212507   -1.44751262   -3.49115484
N                  2.99905011   -0.32040405   -3.62633206
N                  2.43776284    0.66570180   -2.83320311
C                  2.81486272    2.00614847   -2.98429677
C                  3.81457179    2.36603676   -3.91300834
C                  2.19341047    3.01334265   -2.21836915
C                  4.17532260    3.70420796   -4.06380339
C                  2.56748431    4.34977325   -2.38619420
C                  3.55726009    4.70873363   -3.30620420
C                  2.73982232   -2.67513152   -4.14892638
C                  3.85202371   -2.70192643   -5.02003726
C                  2.00038938   -3.86108435   -3.96489532
C                  4.20529708   -3.87592630   -5.68175280
C                  3.46138572   -5.05046583   -5.49202805
C                  2.35892413   -5.03648324   -4.63164593
H                 -0.41109603    0.66246542    0.05763186
H                  0.03344135    0.70679495    2.49670176
H                  2.34004499    0.32026398    3.35089569
H                  4.19526735   -0.10331674    1.74664649
H                  3.74685232   -0.13926008   -0.69528379
H                  0.23690404   -1.48280782   -2.99480331
H                  1.25778771   -2.02863873   -1.65926318
H                  0.42084054    0.72767862   -2.18647468
H                  4.28561160    1.59081398   -4.50213615
H                  1.43856195    2.75884641   -1.48494561
H                  4.94560842    3.96447811   -4.78365290
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10 62 48 90.00        f
62 10 9   90.00    f
10 62 48 47 -90.  f
62 10 9 18  90. f
62 47 48 46 180. f

[ Last edited by kekexili_08 on 2011-1-14 at 21:48 ]
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14楼2011-01-14 21:45:37
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daiyulan85

木虫 (正式写手)

是不是固定的东西多了，相对位置就会改变
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15楼2011-02-22 17:08:36
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