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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【讨论】局部优化，固定不了原子
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boylc789

木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】局部优化，固定不了原子

opt=z-matrix
坐标用的是笛卡尔坐标
C -1
O-1
C 0
。。。

但是看结构时冻结的原子坐标，位置变了
不知道是怎没回事
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1楼 2010-12-17 11:18:51
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
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heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-22 10:00:28
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-12-17 11:18:51:
opt=z-matrix
坐标用的是笛卡尔坐标
C -1
O-1
C 0
。。。

但是看结构时冻结的原子坐标，位置变了
不知道是怎没回事

在我的印象中好像只有内坐标才可以局部优化吧！
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2楼2010-12-17 11:46:42
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-12-17 11:46:42:

在我的印象中好像只有内坐标才可以局部优化吧！

我看其他人说的用frozen -1可以冻结的，而且gv里也提供这一选项
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3楼2010-12-17 11:53:28
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hustyh0801

铁杆木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-12-17 11:53:28:

我看其他人说的用frozen -1可以冻结的，而且gv里也提供这一选项

我还是建议用内坐标试下。
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4楼2010-12-17 12:01:18
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manson1998

金虫 (著名写手)
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heyo_123(金币+1):鼓励交流！万能正解！ 2010-12-22 10:00:17
检查你的输入文件。。。。看手册
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5楼2010-12-17 12:36:49
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-12-17 12:36:49:
检查你的输入文件。。。。看手册

输入文件没错，我的体系太大，1000个原子
手册是modredundant
这样设太麻烦
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6楼2010-12-17 12:50:12
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by hustyh0801 at 2010-12-17 12:01:18:

我还是建议用内坐标试下。

你的意思是modredundant？
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7楼2010-12-17 12:50:41
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zhou2009

版主 (著名写手)
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boylc789(金币+2):谢谢回帖~~ 2010-12-17 15:27:13
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-22 10:00:00
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-12-17 11:18:51:
opt=z-matrix
坐标用的是笛卡尔坐标
C -1
O-1
C 0
。。。

但是看结构时冻结的原子坐标，位置变了
不知道是怎没回事

仅用-1虽然可以固定原子，但GS为了分析对称性，却会挪动坐标系，将你的分子主平面由输入的xy改在xz进行，所以位置变了，但结果还是部分优化的。只有加了nosymm关键词，才不会挪动坐标按你的安排算。但你的分子大，加nosymm会增大计算量。
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8楼2010-12-17 15:05:33
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2010-12-17 15:05:33:


仅用-1虽然可以固定原子，但GS为了分析对称性，却会挪动坐标系，将你的分子主平面由输入的xy改在xz进行，所以位置变了，但结果还是部分优化的。只有加了nosymm关键词，才不会挪动坐标按你的安排算。但你的分子 ...

分析的比较有道理，但是我觉得我这个不是这个原因
Maximum step size (   0.300) exceeded in Quadratic search.
    -- Step size scaled by   0.272
TrRot=  0.000006  0.000045 -0.000148  0.313378 -0.000001 -0.313378
MatCor failed.
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    X1       37.57900   1.51642   0.00000   0.00625   0.00626  37.58526
    Y1       17.84251  -1.42505   0.00000  -0.00741  -0.00740  17.83511
    Z1       14.24996   1.25329   0.00000   0.00699   0.00689  14.25685
    X2       37.57900   0.00116   0.00000  -0.00001  -0.00001  37.57899
    Y2       16.76023   0.14373   0.00000   0.00115   0.00116  16.76140
    Z2       16.76023   0.14363   0.00000   0.00131   0.00121  16.76144
    X3       36.28628   0.01445   0.00000   0.00012   0.00012  36.28640
    Y3       21.82588  -0.06877   0.00000  -0.00056  -0.00055  21.82533
    Z3       21.82588  -0.06878   0.00000  -0.00041  -0.00051  21.82537
    X4       37.57900  -0.00078   0.00000   0.00000   0.00000  37.57900
    Y4       18.78950   0.06728   0.00000   0.00049   0.00050  18.79000
    Z4       18.78950   0.06735   0.00000   0.00065   0.00055  18.79005
    X5       35.52719   0.04866   0.00000   0.00038   0.00038  35.52756
    Y5       19.85674  -0.03941   0.00000  -0.00032  -0.00031  19.85644
    Z5       19.85674  -0.03940   0.00000  -0.00021  -0.00031  19.85643
    X6       33.46786  -0.06602   0.00000  -0.00051  -0.00051  33.46735
这个地方都变了，每一个xyz都变了，变得幅度应该不是很大
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9楼2010-12-17 15:26:04
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zhou2009

版主 (著名写手)
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boylc789(金币+2): 2010-12-17 18:24:09
是的，GS为了分析对称性，不但会挪动坐标系，还会重新选择分子电荷分布的中心，忘记说了。
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10楼2010-12-17 17:35:11
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2010-12-17 17:35:11:
是的，GS为了分析对称性，不但会挪动坐标系，还会重新选择分子电荷分布的中心，忘记说了。

但我这个gv里读出的是C1群，不知道你说的对称性指的是哪一个，这个xrd分析是具有fm3m空间点群
另外用modrudunt可以固定住原子吗？
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11楼2010-12-17 18:22:38
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ludeng

新虫 (小有名气)
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heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-22 09:59:30
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-12-17 11:18:51:
opt=z-matrix
坐标用的是笛卡尔坐标
C -1
O-1
C 0
。。。

但是看结构时冻结的原子坐标，位置变了
不知道是怎没回事

可以这样吧 假如固定的是键长B2

# opt=z-matrix b3lyp/3-21g

title

0 1
C
C B1
C B2 A1
C B3 A2 D1

B1
B3
A1
A2
D1
constants:
B2=...
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12楼2010-12-18 11:06:57
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ludeng at 2010-12-18 11:06:57:



可以这样吧 假如固定的是键长B2

# opt=z-matrix b3lyp/3-21g

title

0 1
C
C B1
C B2 A1
C B3 A2 D1

B1
B3
A1
A2
D1
constants:
B2=...

原子太多，这样一个个手动设的太麻烦了1000个原子，但是不知道如何能减小变量，用内坐标，分子对称性很好
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13楼2010-12-18 19:01:46
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zhengwl350

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-22 09:59:10
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2010-12-17 11:18:51:
opt=z-matrix
坐标用的是笛卡尔坐标
C -1
O-1
C 0
。。。

但是看结构时冻结的原子坐标，位置变了
不知道是怎没回事

可以通过直角坐标形式，固定部分原子进行优化，看一下g09 手册中opt关键词中的部分优化。
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14楼2010-12-20 21:50:11
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泽润东方

金虫 (正式写手)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！ 2010-12-22 09:58:59
GS在做计算的时候，为了减小计算量，会寻找对称性和选取能使体系所有原子坐标达到最简洁的坐标原点和坐标系，坐标原点是选取在体系的电荷分布中心，也就是Charge distribution center。
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15楼2010-12-21 20:41:11
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4010808

木虫 (小有名气)
7楼正解
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16楼2010-12-21 22:37:07
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boylc789

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 泽润东方 at 2010-12-21 20:41:11:
GS在做计算的时候，为了减小计算量，会寻找对称性和选取能使体系所有原子坐标达到最简洁的坐标原点和坐标系，坐标原点是选取在体系的电荷分布中心，也就是Charge distribution center。

谢谢
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17楼2010-12-22 22:27:45
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