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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 通过Q峰确定H原子坐标的问题
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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 通过Q峰确定H原子坐标的问题

晶体结构基本上已经解出，R1在0.03左右。目前用Q峰确定H原子位置时，可以得到大部分H的合理坐标，还有少部分的H位置不太合理，所以用了DFIX和DANG来限定键长，但是这样一来，其他本来已经确定位置的H坐标又变掉了，精修非常不稳定。有什么方法能够固定原来已经得到正确位置的H的坐标吗？用AFIX命令行不行？具体格式是怎么样的？
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1楼 2013-01-24 20:53:00
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sgm060512

木虫 (正式写手)
★
rain841230(金币+1): 谢谢参与
通常一些常见的氢（苯环，唑类，乙基，甲基等）都通过理论加氢，如果理论加氢出现氢精修不能收敛时，则可通过固定将其固定，格式是
afix 3
atoms
afix 0
另外一种用Q峰加氢，这种情况通常要加限制命令，限制键长和键角，当修到合理位置时，可用上面的固定命令固定，防止氢原子变动，然后进行精修。
希望对楼主有用。
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4楼2013-01-25 09:32:32
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
rain841230(金币+1): 谢谢参与
HIMP 0.85限制键长。
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5楼2013-01-25 10:22:49
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lin_twins

荣誉版主 (文坛精英)
★
rain841230(金币+1): 谢谢参与
位置如果不合理，试试用XP加，一个一个来，注意固定
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6楼2013-01-25 12:22:15
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ifent

金虫 (小有名气)
★
rain841230(金币+1): 谢谢参与
干吗不用afix来加氢呢，dfix是限制性命令，尽量少用。
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8楼2013-01-26 20:50:00
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wangbo26882楼
2013-01-24 21:40   回复  
rain841230(金币+1): 谢谢参与
祝福
yingying15883楼
2013-01-24 23:41   回复  
rain841230(金币+1): 谢谢参与
月雨风扬7楼
2013-01-26 09:50   回复  
rain841230(金币+1): 谢谢参与
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