应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 通过蛋白质骨架还原全原子坐标
71/1返回列表
查看: 1611  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

草莓米粑

金虫 (小有名气)

[求助] 通过蛋白质骨架还原全原子坐标

请问，我现在知道蛋白质每个氨基酸α-C的坐标，如何还原其全原子结构呢？而且要求α-C还在原来的位置。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 16:18:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

草莓米粑

金虫 (小有名气)
草莓米粑: 回帖置顶 2012-06-14 10:36:31
内容已删除
赞一下 回复此楼
6楼2012-06-14 10:36:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:44:50
如果你知道你的蛋白质分子的名称，可以到PDB库里去下载相应的蛋白质分子的PDB文件，这里面就包含了蛋白质分子的坐标信息，只是缺氢原子的坐标，然后可以根据CHARMM力场中的拓扑信息，使用VMD的一个插件（autopsf）把缺的H原子才出来。具体做法可以参考NAMD手册和教程。

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-13 16:37:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 16:37:19
如果你知道你的蛋白质分子的名称，可以到PDB库里去下载相应的蛋白质分子的PDB文件，这里面就包含了蛋白质分子的坐标信息，只是缺氢原子的坐标，然后可以根据CHARMM力场中的拓扑信息，使用VMD的一个插件（autopsf）把 ...

是这样的，我把蛋白质粗粒化了，然后得到结构不知道怎么还原回去。粗粒化过程是把蛋白质的每个残基信息赋值到它的α-C上了。整个蛋白呈刚性。现在得到大致结果了，想要细粒化然后得到更精准的全原子信息。所以不知道怎么还原。
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-13 17:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:45:06
草莓米粑: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-14 15:05:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-13 17:05:27
是这样的，我把蛋白质粗粒化了，然后得到结构不知道怎么还原回去。粗粒化过程是把蛋白质的每个残基信息赋值到它的α-C上了。整个蛋白呈刚性。现在得到大致结果了，想要细粒化然后得到更精准的全原子信息。所以不知 ...

你应该看这个

Resolution transformation:

Switching between atomistic and coarse-grained resolutions

http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

草莓米粑
4楼2012-06-13 17:08:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草莓米粑

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-13 17:08:26
你应该看这个

Resolution transformation:

Switching between atomistic and coarse-grained resolutions

http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools...

  可是我用的不是 MARTINI 。 只是想说有没有什么蛋白质的绘图软件可以通过α-C坐标还原整个蛋白~
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-14 08:48:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 草莓米粑 at 2012-06-14 10:36:19
换个办法问下~  GROMACS里面设置蛋白质的初始取向时可不可以按照偶极矢量来设置呢？  还是VMD可以？...

这个不了解，抱歉。

你自己建立的粗粒化蛋白质模型
再反过来处理不就可以得到全原子模型了嘛？
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-14 10:53:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 草莓米粑 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 283求调剂 +6 小楼。 2026-03-12 9/450 2026-03-14 22:15 by cfxczx2015
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +5 鹤遨予卿 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:44 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 清风问长安 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:15 by JourneyLucky
[考研] 一志愿浙江大学0856材料与化工求调剂 +4 yansheng@211 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:10 by JourneyLucky
[考研] 328，0703考生求调剂，一志愿为东北师范大学 +4 观素律 2026-03-09 5/250 2026-03-14 01:24 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂（085602一志愿985） +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +3 崔wj 2026-03-12 4/200 2026-03-12 19:33 by 求调剂zz
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭