| 查看: 1520 | 回复: 6 | |||
[求助]
通过蛋白质骨架还原全原子坐标
|
| 请问，我现在知道蛋白质每个氨基酸α-C的坐标，如何还原其全原子结构呢？而且要求α-C还在原来的位置。 |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有21人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 同一种晶体用的原子坐标怎么不一样呢？
已经有4人回复
- 从outcar中提取原子坐标的脚本
已经有14人回复
- 谁有Na0.9Mo2O4结构参数（包括原子坐标）
已经有5人回复
- 【请教】晶体单胞里的具体原子数目，坐标？
已经有6人回复
- 【求助】晶格内原子坐标的转化
已经有3人回复
- 【求助】知道空间群和晶格常数，如何知道原子坐标！！
已经有6人回复
- 【求助】ms模型原子坐标的导出
已经有11人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:44:50
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:44:50
|
如果你知道你的蛋白质分子的名称，可以到PDB库里去下载相应的蛋白质分子的PDB文件，这里面就包含了蛋白质分子的坐标信息，只是缺氢原子的坐标，然后可以根据CHARMM力场中的拓扑信息，使用VMD的一个插件（autopsf）把缺的H原子才出来。具体做法可以参考NAMD手册和教程。 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do |
2楼2012-06-13 16:37:19
3楼2012-06-13 17:05:27
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:45:06
草莓米粑: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-14 15:05:07
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:45:06
草莓米粑: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-14 15:05:07
|
你应该看这个 Resolution transformation: Switching between atomistic and coarse-grained resolutions http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
草莓米粑4楼2012-06-13 17:08:26
可是我用的不是 MARTINI 。 只是想说有没有什么蛋白质的绘图软件可以通过α-C坐标还原整个蛋白~ 5楼2012-06-14 08:48:16
6楼2012-06-14 10:36:19
7楼2012-06-14 10:53:24