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通过蛋白质骨架还原全原子坐标
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| 请问，我现在知道蛋白质每个氨基酸α-C的坐标，如何还原其全原子结构呢？而且要求α-C还在原来的位置。 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:44:50
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-06-13 18:44:50
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如果你知道你的蛋白质分子的名称，可以到PDB库里去下载相应的蛋白质分子的PDB文件，这里面就包含了蛋白质分子的坐标信息，只是缺氢原子的坐标，然后可以根据CHARMM力场中的拓扑信息，使用VMD的一个插件（autopsf）把缺的H原子才出来。具体做法可以参考NAMD手册和教程。 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do |
2楼2012-06-13 16:37:19
3楼2012-06-13 17:05:27
【答案】应助回帖
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草莓米粑: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-14 15:05:07
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草莓米粑: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-06-14 15:05:07
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你应该看这个 Resolution transformation: Switching between atomistic and coarse-grained resolutions http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools |
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草莓米粑4楼2012-06-13 17:08:26
可是我用的不是 MARTINI 。 只是想说有没有什么蛋白质的绘图软件可以通过α-C坐标还原整个蛋白~ 5楼2012-06-14 08:48:16
6楼2012-06-14 10:36:19
7楼2012-06-14 10:53:24
20