24小时热门版块排行榜

返回列表

rain841230

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 231.5
帖子: 802
在线: 53.5小时
虫号: 493132

[交流] 通过Q峰确定H原子坐标的问题

晶体结构基本上已经解出，R1在0.03左右。目前用Q峰确定H原子位置时，可以得到大部分H的合理坐标，还有少部分的H位置不太合理，所以用了DFIX和DANG来限定键长，但是这样一来，其他本来已经确定位置的H坐标又变掉了，精修非常不稳定。有什么方法能够固定原来已经得到正确位置的H的坐标吗？用AFIX命令行不行？具体格式是怎么样的？

回复此楼

» 猜你喜欢

中南大学易小艺课题组诚招2026申请-考核制博士生已经有0人回复
海南师范大学招收化学博士（光电功能材料课题组招收博士研究生）已经有11人回复
无机化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有288人回复
求助几个团簇的cif 已经有0人回复
急求该反应的详细机理已经有5人回复
【Ei | Scopus 双检索】2026年智能交通与未来出行国际会议（CSTFM 2026）已经有0人回复
【EI|Scopus 双检索】2026年第六届机器人与人工智能国际会议（JCRAI 2026）已经有0人回复
zotero的advanced material模板没有更新，有人有新版的cls文件吗已经有2人回复
【高校联合举办】2026年第五届服务机器人国际会议（ICoSR 2026）已经有0人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Material studio 构建晶体更改原子问题已经有6人回复
有什么软件可以输入原子坐标判断空间群的？已经有7人回复
通过蛋白质骨架还原全原子坐标已经有6人回复
同一种晶体用的原子坐标怎么不一样呢？已经有4人回复
请教一下，如何确定具体分子式，最好有详细步骤，还有生成CIF文件的问题已经有7人回复
从outcar中提取原子坐标的脚本已经有14人回复
已知粉末衍射数据，能不能得到晶体中原子坐标已经有7人回复
求助如何固定原子坐标进行优化，快搞疯了已经有16人回复
求助Fe2O3原子坐标问题，谢谢~ 已经有3人回复
加H原子问题已经有13人回复
高斯扫势能面的问题已经有5人回复
关于原子位置的问题已经有25人回复
【求助】表面吸附原子的位置问题！已经有9人回复
【求助】知道空间群和晶格常数，如何知道原子坐标！！已经有6人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2013-01-24 20:53:00

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sgm060512

木虫 (正式写手)

应助: 22 (小学生)
金币: 1799.6
帖子: 457
在线: 1242.3小时
虫号: 651932

★
rain841230(金币+1): 谢谢参与

通常一些常见的氢（苯环，唑类，乙基，甲基等）都通过理论加氢，如果理论加氢出现氢精修不能收敛时，则可通过固定将其固定，格式是
afix 3
atoms
afix 0
另外一种用Q峰加氢，这种情况通常要加限制命令，限制键长和键角，当修到合理位置时，可用上面的固定命令固定，防止氢原子变动，然后进行精修。
希望对楼主有用。