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rain841230

捐助贵宾 (正式写手)


[交流] 通过Q峰确定H原子坐标的问题

晶体结构基本上已经解出,R1在0.03左右。目前用Q峰确定H原子位置时,可以得到大部分H的合理坐标,还有少部分的H位置不太合理,所以用了DFIX和DANG来限定键长,但是这样一来,其他本来已经确定位置的H坐标又变掉了,精修非常不稳定。有什么方法能够固定原来已经得到正确位置的H的坐标吗?用AFIX命令行不行?具体格式是怎么样的?
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sgm060512

木虫 (正式写手)



rain841230(金币+1): 谢谢参与
通常一些常见的氢(苯环,唑类,乙基,甲基等)都通过理论加氢,如果理论加氢出现氢精修不能收敛时,则可通过固定将其固定,格式是
afix 3
atoms
afix 0
另外一种用Q峰加氢,这种情况通常要加限制命令,限制键长和键角,当修到合理位置时,可用上面的固定命令固定,防止氢原子变动,然后进行精修。
希望对楼主有用。
4楼2013-01-25 09:32:32
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)



rain841230(金币+1): 谢谢参与
HIMP 0.85限制键长。
5楼2013-01-25 10:22:49
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rain841230(金币+1): 谢谢参与
位置如果不合理,试试用XP加,一个一个来,注意固定
6楼2013-01-25 12:22:15
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ifent

金虫 (小有名气)



rain841230(金币+1): 谢谢参与
干吗不用afix来加氢呢,dfix是限制性命令,尽量少用。
8楼2013-01-26 20:50:00
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