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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] 如何计算 两个原子间距离随时间的变化以及距离的分布

看文献中有end to end distance,也想做一下聚合物分子链两头的距离随时间的变化,以及距离的分布
看手册使用这个命令:
g_dist -f traj.trr -s topol.tpr -n bond.ndx -o dist.xvg
bond.ndx这样写:
[ bond ]
  1   50
(测量atom1和atom50之间的距离)
但是输出的dist.xvg的函数值都是0,不知道我的问题出在哪里了?

我也试过g_bond,这个命令好像只能测量键长,即相邻原子的距离。
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奋斗中的小木虫
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笨笨猫123

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-18 11:48:35
赞楼上 zh1987hs 版主,
我也这样做过,就是make_ndx 重新建一个group文件,只含有你所需要的两个原子,其他的group都可以删除,然后在运行g_dist  即可

求助~~~那请问怎样确定原子的编号呢~~
6楼2015-05-11 09:12:51
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查看全部 6 个回答

sheva7love

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-18 11:24:08
mengsk: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-05-20 11:53:23
将bond.ndx中的1,50原子分开写,定义成两个组。
修身齐家治国平天下
2楼2012-05-18 11:07:49
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-05-18 11:46:03
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:31
试没试过make_ndx呢?我以前计算原子间距离是用这个命令的,设置两个group,分别是你对应的原子序号,然后g_dist
3楼2012-05-18 11:25:39
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-18 14:03:26
mengsk: 金币+1, ★★★很有帮助 2012-05-20 11:53:38
赞楼上 zh1987hs 版主,
我也这样做过,就是make_ndx 重新建一个group文件,只含有你所需要的两个原子,其他的group都可以删除,然后在运行g_dist  即可
4楼2012-05-18 11:48:35
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