应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD的bond 随时间的变化tcl脚本
51/1返回列表
查看: 1817  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] VMD的bond 随时间的变化tcl脚本 已有1人参与

如何用VMD 导出你想要的键长随时间的变化，比如说O-H bond ，index number是4 和 5。

求指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼 2014-10-21 09:48:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-10-21 14:24:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-21 14:24:04
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？

轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
3楼2014-10-21 19:24:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-10-21 19:24:32
轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！...

你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？
赞一下 回复此楼
gromacs
4楼2014-10-22 10:41:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-22 10:41:11
你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？...

只用measure bond么？我不太会用VMD，能不能教下具体步骤。让其最后导出一个数据文件？
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
5楼2014-10-22 15:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xwwjd 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 7/350 2026-03-17 20:20 by 花125533
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂！ +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭