应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD的bond 随时间的变化tcl脚本
51/1返回列表
查看: 2003  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] VMD的bond 随时间的变化tcl脚本 已有1人参与

如何用VMD 导出你想要的键长随时间的变化，比如说O-H bond ，index number是4 和 5。

求指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼 2014-10-21 09:48:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-22 10:41:11
你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？...

只用measure bond么？我不太会用VMD，能不能教下具体步骤。让其最后导出一个数据文件？
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
5楼2014-10-22 15:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？
赞一下 回复此楼
gromacs
2楼2014-10-21 14:24:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-21 14:24:04
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？

轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！
赞一下 回复此楼
你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
3楼2014-10-21 19:24:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-10-21 19:24:32
轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！...

你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？
赞一下 回复此楼
gromacs
4楼2014-10-22 10:41:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +3 且听虎啸 2026-08-17 4/200 2026-08-17 22:31 by ccec101
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +12 Ldrop2023 2026-08-13 15/750 2026-08-17 15:02 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭