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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] VMD的bond 随时间的变化tcl脚本 已有1人参与

如何用VMD 导出你想要的键长随时间的变化,比如说O-H bond ,index number是4 和 5。

求指点,谢谢!
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你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-21 14:24:04
直接从输入的轨迹文件读取不就行了???

轨迹文件里不是坐标吗,没有键的信息吧?要怎么读取呢?能不能详细说下,谢谢啦!
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
3楼2014-10-21 19:24:32
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接从输入的轨迹文件读取不就行了???
gromacs
2楼2014-10-21 14:24:04
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fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-10-21 19:24:32
轨迹文件里不是坐标吗,没有键的信息吧?要怎么读取呢?能不能详细说下,谢谢啦!...

你不是知道成键的原子序数了么,直接计算这两个原子距离不就ok了?
gromacs
4楼2014-10-22 10:41:11
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-22 10:41:11
你不是知道成键的原子序数了么,直接计算这两个原子距离不就ok了?...

只用measure bond么?我不太会用VMD,能不能教下具体步骤。让其最后导出一个数据文件?
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
5楼2014-10-22 15:11:27
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