24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1872  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] VMD的bond 随时间的变化tcl脚本 已有1人参与

如何用VMD 导出你想要的键长随时间的变化,比如说O-H bond ,index number是4 和 5。

求指点,谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-10-21 19:24:32
轨迹文件里不是坐标吗,没有键的信息吧?要怎么读取呢?能不能详细说下,谢谢啦!...

你不是知道成键的原子序数了么,直接计算这两个原子距离不就ok了?
gromacs
4楼2014-10-22 10:41:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
直接从输入的轨迹文件读取不就行了???
gromacs
2楼2014-10-21 14:24:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-21 14:24:04
直接从输入的轨迹文件读取不就行了???

轨迹文件里不是坐标吗,没有键的信息吧?要怎么读取呢?能不能详细说下,谢谢啦!
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
3楼2014-10-21 19:24:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xwwjd

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-22 10:41:11
你不是知道成键的原子序数了么,直接计算这两个原子距离不就ok了?...

只用measure bond么?我不太会用VMD,能不能教下具体步骤。让其最后导出一个数据文件?
你一会看云,一会看我,我觉得你看云时很近,看我时很远。。。
5楼2014-10-22 15:11:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕调剂 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 9/450 2026-04-07 22:21 by JourneyLucky
[考研] 305求调剂 +4 77Qi 2026-04-06 4/200 2026-04-07 20:06 by shanqishi
[考研] 一志愿西南090202求调剂 +4 在线求有学上 2026-04-07 4/200 2026-04-07 19:47 by biomichael
[考研] 085602调剂 初试总分335 +3 19123253302 2026-04-06 3/150 2026-04-07 18:00 by jp9609
[考研] 085602调剂 初试总分335 +10 19123253302 2026-04-05 10/500 2026-04-07 15:23 by 小乔同学ya
[考研] 求调剂 +4 电气小神童 2026-04-04 6/300 2026-04-07 00:14 by guanxin1001
[考研] 0857大类环境工程B区求调剂 +3 龚禹铭 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:22 by 蓝云思雨
[考研] 315求调剂 +14 欣喜777 2026-04-04 15/750 2026-04-06 06:25 by houyaoxu
[考研] 工科08专硕机械275求调剂 +3 AaAa7420 2026-04-02 3/150 2026-04-05 13:26 by jp9609
[考研] 材料化工306分找合适调剂 +14 沧海轻舟e 2026-04-04 14/700 2026-04-05 09:53 by 朱云虎202
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 调剂 +8 熊二想上岸 2026-04-04 8/400 2026-04-05 05:27 by houyaoxu
[考研] 一志愿华北电力大学(北京),材料科学与工程学硕265,求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 387求调剂 +4 爱吃片豆土 2026-04-03 5/250 2026-04-04 08:10 by 岸上的一条鱼
[考研] 311求调剂 +11 勇敢的小吴 2026-04-02 11/550 2026-04-03 21:46 by qlm5820
[考研] 318求调剂,计算材料方向 +10 吸喵有害笙命 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[考研] 282求调剂 +13 呼吸都是减肥 2026-04-01 13/650 2026-04-02 14:10 by baoball
[考研] 环境工程调剂 +9 hyzzzzzzz. 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:20 by salamander`
信息提示
请填处理意见