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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » VMD的bond 随时间的变化tcl脚本
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] VMD的bond 随时间的变化tcl脚本 已有1人参与

如何用VMD 导出你想要的键长随时间的变化，比如说O-H bond ，index number是4 和 5。

求指点，谢谢！
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼 2014-10-21 09:48:45
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？
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gromacs
2楼2014-10-21 14:24:04
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-21 14:24:04
直接从输入的轨迹文件读取不就行了？？？

轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
3楼2014-10-21 19:24:32
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xwwjd at 2014-10-21 19:24:32
轨迹文件里不是坐标吗，没有键的信息吧？要怎么读取呢？能不能详细说下，谢谢啦！...

你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？
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gromacs
4楼2014-10-22 10:41:11
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xwwjd

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-10-22 10:41:11
你不是知道成键的原子序数了么，直接计算这两个原子距离不就ok了？...

只用measure bond么？我不太会用VMD，能不能教下具体步骤。让其最后导出一个数据文件？
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
5楼2014-10-22 15:11:27
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