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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教：如何用Gromacs计算脂水分配系数
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wungung

金虫 (初入文坛)

[求助] 请教：如何用Gromacs计算脂水分配系数 已有1人参与

求助各位同门：
我想用Gromacs计算一种分子在水和正辛醇之间的分配系数，我建了一个盒子装入了水、正辛醇、该分子，进行了能量最小化和长程动力学。之后不知该怎样进行分析才能计算出分子在两相之间的分配数目。
还望各位师兄师姐们不吝赐教呀！
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1楼 2014-10-08 09:50:53
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wungung: 金币+5, 求继续帮助！ 2014-10-08 14:11:26
本帖内容被屏蔽
2楼2014-10-08 10:44:57
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wungung

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-10-08 10:44:57
您说的是logP吧
？？？？

是的呀！
请问您知道怎样用Gromacs的分析命令来计算吗？
求指点！！！！！！
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-08 13:28:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wungung
4楼2014-10-08 21:54:11
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wungung

金虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by smutao at 2014-10-08 21:54:11
我没有用md算过logP
logP应该是实验测得的

那您知道如何用Gromacs计算两相中的分子个数吗？
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-09 08:39:34
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