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amber跑轨迹，可以选择性只输出某几个原子的坐标信息吗？
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| 请问 amber里轨迹文件mdcrd，输出时可以限定只输出某几个原子的坐标信息吗？比如质子转移，H从C1原子转移到C2原子的过程，跑轨迹时，我输出文件只输出C1、C2、H的坐标，因为我要求这三个动态原子两两间的距离在整个质子转移过程中的变化。我了解的有ptraj、cpptraj里distance可以根据轨迹文件分析距离，除去这个，在一开始跑轨迹时，可以进行选择性的输出某些原子坐标信息吗？ |
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