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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD热容(Specific Heat Capacity)分析 - 如何计算 NVE 体系下的热容?
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gn02530640

银虫 (小有名气)

[求助] NAMD热容(Specific Heat Capacity)分析 - 如何计算 NVE 体系下的热容? 已有1人参与

如题，个人现在准备针对一个在NVE体系下完成的动力学模拟轨迹进行热容分析，
NAMD 的 Tutorial 的 2.1.5 节有给出在 NVT 体系下用能量去计算热容的例子，
但，在NVE体系下平衡后系统总能量接近恒定，因此我想应该无法直接套用 Tutorial 所用的脚本...
想请各位虫友指点一下方向，感激不尽
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1楼 2014-12-10 09:54:48
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gn02530640: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-12-10 11:35:27
gn02530640: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-12-10 19:45:07
NVE里能量没有涨落，不能像NVT里那样利用能量涨落来计算比热容。
如果非要算也不是不可以，据说比较麻烦，可能要在不同能量下跑两个simulation，然后求能量对温度的导数。另外可能有其他方法，具体我不太了解。
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2楼2014-12-10 11:02:00
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gn02530640

银虫 (小有名气)
非常感谢您的回复。

我想请问一下，那如果我延续之前的动力学模拟轨迹，改成在NVT体系下续跑大约5万步(甚至10万步)，再根据这段NVT体系下的模拟轨迹档去做比热容分析，这样的方法是可行的吗?
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3楼2014-12-10 11:39:27
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gn02530640

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2014-12-10 11:02:00
NVE里能量没有涨落，不能像NVT里那样利用能量涨落来计算比热容。
如果非要算也不是不可以，据说比较麻烦，可能要在不同能量下跑两个simulation，然后求能量对温度的导数。另外可能有其他方法，具体我不太了解。

求教
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4楼2014-12-10 11:41:05
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-12-09 15:39:27
非常感谢您的回复。

我想请问一下，那如果我延续之前的动力学模拟轨迹，改成在NVT体系下续跑大约5万步(甚至10万步)，再根据这段NVT体系下的模拟轨迹档去做比热容分析，这样的方法是可行的吗?

这样是可以的。
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5楼2014-12-10 12:33:23
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