| 查看: 452 | 回复: 2 | ||
gn02530640银虫 (小有名气)
|
[求助]
[NAMD] 在立方盒子裡面插入多條多肽鏈
|
|
小弟是初学 NAMD 的新手，我想请问若我现在想在一个立方盒子里面加入10个相同的多肽链(假设)，实际上该怎么操作? 以下是我目前想到的方法： 1. 在.conf文件里输入多个psf文件和pdb文件 我查了一下发现这似乎不可行，.conf的的structure和coordinates栏位似乎一次只能读取一个psf文件和pdb文件 2. 在pdb文件里一次写入10个多肽链的坐标 这是我目前在尝试的方法，我是先用 Material Studio 把多肽链的分子画出来，然后直接复制贴上10次弄出10条相同的多肽链。 问题是这样产生的pdb文件似乎会产生奇怪而且不合理的键结，即使把pdb文件里的connect讯息全刪掉也是一样。 另外就是复制贴上的这10条多肽链彼此都靠的太近了，不晓得会不会对之后的动力学模拟造成影响? 不知各位虫友有没有更好的方法? 小弟先在此谢过 |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有108人回复
-
两姐妹，一个辛辛苦苦30岁工作当大学教师，另一个23岁就工作当开车教练
已经有7人回复
-
重要消息，中午系统在维护
已经有9人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有10人回复
-
明天放榜？
已经有4人回复
-
投稿咨询
已经有6人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有26人回复
-
今天维护系统维护 祝所有人 高中
已经有9人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有16人回复
-
2027广东省杰青
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-08-30 17:00:40
gn02530640
银虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 314.5
- 红花: 1
- 帖子: 139
- 在线: 86.6小时
- 虫号: 2796302
- 注册: 2013-11-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-11-18 16:32:47
