24小时热门版块排行榜

返回列表

gn02530640

银虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
金币: 314.5
红花: 1
帖子: 139
在线: 86.6小时
虫号: 2796302
注册: 2013-11-12
性别: GG
专业: 理论和计算化学

[求助] [NAMD] 在立方盒子裡面插入多條多肽鏈

小弟是初学 NAMD 的新手，我想请问若我现在想在一个立方盒子里面加入10个相同的多肽链(假设)，实际上该怎么操作?
以下是我目前想到的方法：

1. 在.conf文件里输入多个psf文件和pdb文件

我查了一下发现这似乎不可行，.conf的的structure和coordinates栏位似乎一次只能读取一个psf文件和pdb文件

2. 在pdb文件里一次写入10个多肽链的坐标

这是我目前在尝试的方法，我是先用 Material Studio 把多肽链的分子画出来，然后直接复制贴上10次弄出10条相同的多肽链。
问题是这样产生的pdb文件似乎会产生奇怪而且不合理的键结，即使把pdb文件里的connect讯息全刪掉也是一样。
另外就是复制贴上的这10条多肽链彼此都靠的太近了，不晓得会不会对之后的动力学模拟造成影响?

不知各位虫友有没有更好的方法? 小弟先在此谢过

回复此楼