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gn02530640银虫 (小有名气)
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[NAMD] 在立方盒子裡面插入多條多肽鏈
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小弟是初学 NAMD 的新手，我想请问若我现在想在一个立方盒子里面加入10个相同的多肽链(假设)，实际上该怎么操作? 以下是我目前想到的方法： 1. 在.conf文件里输入多个psf文件和pdb文件 我查了一下发现这似乎不可行，.conf的的structure和coordinates栏位似乎一次只能读取一个psf文件和pdb文件 2. 在pdb文件里一次写入10个多肽链的坐标 这是我目前在尝试的方法，我是先用 Material Studio 把多肽链的分子画出来，然后直接复制贴上10次弄出10条相同的多肽链。 问题是这样产生的pdb文件似乎会产生奇怪而且不合理的键结，即使把pdb文件里的connect讯息全刪掉也是一样。 另外就是复制贴上的这10条多肽链彼此都靠的太近了，不晓得会不会对之后的动力学模拟造成影响? 不知各位虫友有没有更好的方法? 小弟先在此谢过 |
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gn02530640
银虫 (小有名气)
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