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gromacs软件羟基力场问题
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本人新手，没用过gromacs软件。现在想用QM/MM的方法模拟一个分子与OH自由基的反应。MM用的是gromacs。第一步我想应该是把分子与OH自由基画出来，保存为pdb文件。第二步是用gromacs软件在分子与OH自由基周围加上水盒子。但是第一步里OH自由基保存为pdb文件时，应该怎么命名？第二步或者是之后计算的时候，OH自由基要用什么力场？再之后的QM/MM计算还完全不懂，就先不管了。请大家不吝赐教，谢谢了。 |
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2楼2014-10-31 12:38:25