应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs软件羟基力场问题
21/1返回列表
查看: 733  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

marson

银虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件羟基力场问题

本人新手，没用过gromacs软件。现在想用QM/MM的方法模拟一个分子与OH自由基的反应。MM用的是gromacs。第一步我想应该是把分子与OH自由基画出来，保存为pdb文件。第二步是用gromacs软件在分子与OH自由基周围加上水盒子。但是第一步里OH自由基保存为pdb文件时，应该怎么命名？第二步或者是之后计算的时候，OH自由基要用什么力场？再之后的QM/MM计算还完全不懂，就先不管了。请大家不吝赐教，谢谢了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
思想有多远，我们就能走多远~
1楼 2014-06-30 16:14:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mayun284122

新虫 (初入文坛)
请问楼主，找到方法了吗？
能模拟吗？
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-31 12:38:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 marson 的主题更新
21/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭