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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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marson

银虫 (正式写手)

[求助] gromacs软件羟基力场问题

本人新手,没用过gromacs软件。现在想用QM/MM的方法模拟一个分子与OH自由基的反应。MM用的是gromacs。第一步我想应该是把分子与OH自由基画出来,保存为pdb文件。第二步是用gromacs软件在分子与OH自由基周围加上水盒子。但是第一步里OH自由基保存为pdb文件时,应该怎么命名?第二步或者是之后计算的时候,OH自由基要用什么力场?再之后的QM/MM计算还完全不懂,就先不管了。请大家不吝赐教,谢谢了。
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mayun284122

新虫 (初入文坛)

请问楼主,找到方法了吗?
能模拟吗?
2楼2014-10-31 12:38:25
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