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zhuimeng08银虫 (正式写手)
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计算g_mmpbsa 已有1人参与
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我用g_mmpbsa计算蛋白和小分子的结合能量， 算non-polar用的是SASA模型，但是算出来数值偏大好多，是不是哪里的细节问题没有注意到， 求指教 用到的命令：g_mmpbsa -f 7-8ns.xtc -s md.tpr -i nonpolar-wca.mdp -n mm.ndx -nomme -pbsa -decomp -apol apolar.xvg -apcon apolar.dat 计算结果： 各项的平均值 -280.6840392(vdw) -136.934098(ele) -417.6181961(gas) -245.935(nonpolar) 203.581(polar) 请赐教 |
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atmdd
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2楼2014-12-16 15:03:56