| 查看: 1309 | 回复: 1 | |||
zhuimeng08银虫 (正式写手)
|
[交流]
计算g_mmpbsa 已有1人参与
|
|
我用g_mmpbsa计算蛋白和小分子的结合能量， 算non-polar用的是SASA模型，但是算出来数值偏大好多，是不是哪里的细节问题没有注意到， 求指教 用到的命令：g_mmpbsa -f 7-8ns.xtc -s md.tpr -i nonpolar-wca.mdp -n mm.ndx -nomme -pbsa -decomp -apol apolar.xvg -apcon apolar.dat 计算结果： 各项的平均值 -280.6840392(vdw) -136.934098(ele) -417.6181961(gas) -245.935(nonpolar) 203.581(polar) 请赐教 |
回复此楼» 猜你喜欢
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有10人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- G09计算发射时出现Convergence failure
已经有3人回复
- 求6-311G**和G-311G+**的计算快慢区别
已经有12人回复
- G09中计算N,N二甲基乙酰胺的溶剂效应，如何输入关键词
已经有7人回复
- 怎样拟合数据求出x=f(A,B,C),y=g(A,B,C,D)中的A,B,C,D参数
已经有18人回复
- 请教物理化学热力学计算中， 匢, G, K， logK,什么意思
已经有8人回复
- 关于用amber跑REMD计算的流程及输入文件的设置
已经有6人回复
- 高斯09 G09使用两颗CPU计算设置问题
已经有12人回复
- AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
已经有6人回复
- 相互作用力能否用高斯计算证明
已经有6人回复
- 求助H2SO4（g）的生成焓可以从哪里获得
已经有7人回复
- G09中计算AIM计算过渡金属原子和氢原子间作用的问题
已经有7人回复
- 关于熵变的计算，有人知道怎么计算大的体系的熵变吗？比如将近一千个残基的体系？
已经有11人回复
- g09计算终止，没有错误信息
已经有5人回复
- G3B3//B3LYP/6-311G(D,P)计算出错
已经有5人回复
- G09集群计算结果的chk文件转换问题
已经有7人回复
- 请教公式计算问题ΔG0 = -RTlnKL
已经有6人回复
- 【求助】G09分层计算l301错误，急求解决办法
已经有7人回复
- 【讨论】电子结构能量E与自由能G，如何判断化学反应走向
已经有16人回复
- 【求助】吉布斯自由能的计算 Ｇ
已经有6人回复
- 【求助】S(Q)－－G(r)转换问题
已经有7人回复
atmdd
捐助贵宾 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 14543.5
- 红花: 1
- 帖子: 2226
- 在线: 292.2小时
- 虫号: 1407812
- 注册: 2011-09-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
2楼2014-12-16 15:03:56