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[交流]
计算g_mmpbsa 已有1人参与
我用g_mmpbsa计算蛋白和小分子的结合能量，
算non-polar用的是SASA模型，但是算出来数值偏大好多，是不是哪里的细节问题没有注意到，
求指教
用到的命令：g_mmpbsa -f 7-8ns.xtc -s md.tpr -i nonpolar-wca.mdp -n mm.ndx -nomme -pbsa -decomp -apol apolar.xvg -apcon apolar.dat
计算结果： 各项的平均值 -280.6840392(vdw) -136.934098(ele) -417.6181961(gas) -245.935(nonpolar) 203.581(polar)
请赐教 |
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10+4
反应很差，大量原料没有反应