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xwwjd

铜虫 (初入文坛)

[求助] gromacs里rdf图里的纵坐标g(r)物理含义 已有1人参与

gromacs里用g_rdf得到的rdf图，纵坐标是什么含义呢？第一峰的积分是否表示它的一个配位数，可为啥积分出来的值是那么的小，只有零点几？
如何从rdf图里看出离中心原子最近一层的分子配位数？求大神指点，感激不尽！
附近是一个双层冰的rdf图。

gromacs里rdf图里的纵坐标g(r)物理含义
双层冰.jpg
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你一会看云，一会看我，我觉得你看云时很近，看我时很远。。。
1楼 2014-09-19 15:45:09
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wbn

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
xwwjd(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流。正解 2014-12-05 07:42:36
G(r) 的定义在gromacs manual (4.6.1 版本） 里公式 8.3， 积分不可以直接积的妹子，这是在球坐标里积分，要乘以4*pi*r^2. 另外注意你的尺度，第一个峰有可能是与中心氧相连的两个氢，第二峰才可能是第一配位层。
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2楼2014-12-05 04:09:49
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