| 查看: 1250 | 回复: 1 | ||||
zhangmao511铁虫 (小有名气)
|
[求助]
Gromacs模拟中位置限制性模拟的问题！！
|
|
有个问题想向大家请教一下，关于Gromacs的位置限制性模拟，我在网上看到有2种protocl. Protocl A 是在能量最小化后，先进行位置限制性模拟（也就是将蛋白的所有重原子以1000 kJ/(mol nm2)限制住，打开温度耦合进行100皮秒的模拟），再进行非限制性的NVT，接着进行非限制性的NPT，最后进行production MD. Protocl B是在能量最小化后，进行限制性的NVT 100皮秒，再进行限制性的NPT 100皮秒，最后进行production MD. 这2种Protocl，有没有实质性的区别呢？还是说其实是一样的效果？ 分别用这2种Protocl会会使最后的production MD产生不同的结果吗？十分感谢！  |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 gromacs | xuexijisuan |
» 猜你喜欢
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有6人回复
-
推荐一本书
已经有8人回复
-
溴的反应液脱色
已经有4人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 膜蛋白Gromacs模拟的问题
已经有5人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- gromacs NEMD模拟
已经有12人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- gromacs NPT 系综如何模拟？
已经有8人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- 求Gromacs中文手册
已经有4人回复
- 新手学习Gromacs 大概需要多少时间
已经有8人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- gromacs做全原子模拟时候，突然到MD这一步出错
已经有6人回复
- 【求助】请教如何使用GROMACS做PMF？
已经有8人回复
- 【求助】gromacs的又一个问题
已经有22人回复
- 【求助】求助详细安装gromacs的步骤，谢谢
已经有3人回复
- 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
已经有7人回复
zhangmao511
铁虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 33
- 红花: 2
- 帖子: 136
- 在线: 29.7小时
- 虫号: 2553312
- 注册: 2013-07-19
- 性别: GG
- 专业: 蛋白质组学
2楼2014-12-03 20:43:11