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gromacs安装后无法使用
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wungung
2014-03-20
2014-03-20 21:20:26
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旺仔小馒头01
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Gromacs
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[已完结]
蛋白之间相互作用的残基及作用力
(评阅+6)
(3/2234)
136zhangpong
2014-03-17
2014-03-19 19:18:41
by
smutao
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Gromacs
]
[已完结]
新手请教amber力场问题
(3/1043)
jlsdyac
2014-03-17
2014-03-18 19:30:13
by
tim562944200
[
Gromacs
]
[已完结]
求DLPC和DLPE膜的top参数
(评阅+1)
(0/487)
zhuimeng08
2014-03-18
2014-03-18 16:00:02
by
zhuimeng08
[
Gromacs
]
[已完结]
Cα atomic dynamical cross-correlation matrix map是什么?
(评阅+1)
(0/885)
lmyiop
2014-03-18
2014-03-18 13:46:26
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 模拟出现周期性问题
(评阅+2)
(6/2222)
cplove
2013-12-01
2014-03-17 11:26:24
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber中NVT、NPT、NVE中的参数设置问题
(评阅+2)
(2/2062)
luckboylys
2014-03-12
2014-03-17 10:08:48
by
luckboylys
[
Gromacs
]
[已完结]
关于gromacs续跑连接文件的问题
(评阅+2)
(5/1893)
moye1991
2014-03-10
2014-03-17 09:58:19
by
moye1991
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs能量最小化问题
(评阅+1)
(5/3690)
wjf12
2014-03-11
2014-03-16 21:51:04
by
wjf12
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs中的hydrogen bond life time 是什么意思
(评阅+1)
(0/340)
lmyiop
2014-03-16
2014-03-16 10:25:57
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 复合物小分子的处理
(评阅+1)
(2/818)
anyachan
2014-02-28
2014-03-14 10:41:48
by
xueer小雯
[
Gromacs
]
[已完结]
R程序和Bion3D
(评阅+6)
(0/233)
筱婧子儿
2014-03-12
2014-03-12 15:24:49
by
筱婧子儿
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs数据分析
(评阅+6)
(0/827)
wukezhu
2014-03-11
2014-03-11 22:19:49
by
wukezhu
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Gromacs
]
[已完结]
关于PMF,伞形抽样,WHAM
(评阅+1)
(1/5281)
haoguoyu
2014-03-11
2014-03-11 17:17:30
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗
(4/1701)
mengsk
2013-04-20
2014-03-11 07:24:06
by
是_非
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Gromacs
]
NAMD在Ubantu系统运行老是死机
(评阅+1)
(0/446)
229231168
2014-03-10
2014-03-10 09:13:52
by
229231168
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Gromacs
]
[已完结]
gromacs蛋白模拟报错,,,求指导啊
(2/736)
870277182
2014-03-08
2014-03-09 10:17:02
by
旺仔小馒头01
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD求助
(评阅+1)
(3/490)
彬哥
2014-03-03
2014-03-09 08:18:35
by
彬哥
[
Gromacs
]
[已完结]
topol文件不识别小分子
(8/2800)
蓝紫色玻璃心
2011-12-05
2014-03-08 10:48:51
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
amber里跑自由能曲线 提交pmf.x文件后的问题
(评阅+1)
(0/969)
lifeisall
2014-03-05
2014-03-05 09:54:16
by
lifeisall
[
Gromacs
]
【求助】打算从amber学起
(
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2
)
(16/2524)
flyover08
2010-09-05
2014-03-04 20:50:37
by
iamthinking
[
Gromacs
]
[已完结]
MS模拟pdb文件处理问题
(评阅+1)
(0/1071)
水儿CoCo
2014-03-03
2014-03-03 09:01:44
by
水儿CoCo
[
Gromacs
]
[已完结]
蛋白质与小分子的复合体系
(评阅+6)
(2/770)
_蝶飞
2014-02-27
2014-03-02 16:59:09
by
_蝶飞
[
Gromacs
]
[已完结]
关于pbs文件的说明
(评阅+1)
(2/1741)
lifeisall
2014-02-24
2014-02-28 22:28:50
by
化学势
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS模拟蛋白质与小分子的复合体系
(评阅+6)
(0/1199)
_蝶飞
2014-02-28
2014-02-28 14:49:30
by
_蝶飞
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD求助
(6/774)
lylyly2006
2012-06-09
2014-02-28 08:21:50
by
橙橙0916
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 力场函数类型问题
(评阅+1)
(2/810)
大仲的马
2014-02-26
2014-02-26 17:40:32
by
tianlangxingaa
[
Gromacs
]
[已完结]
如何在linux下安装NAMD2.8,菜鸟第一次发帖
(4/2505)
sunnyxun
2011-11-22
2014-02-26 08:10:48
by
djdj123321
[
Gromacs
]
[已完结]
菜鸟求助。用gromacs的什么指令可以分析氢键能大小?
(评阅+1)
(6/2070)
三木713
2014-02-19
2014-02-24 19:25:35
by
三木713
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber在用sander跑MD时,用的是哪一个算法?速度verlet吗?
(评阅+1)
(0/470)
meatball1982
2014-02-24
2014-02-24 17:27:16
by
meatball1982
[
Gromacs
]
[已完结]
审稿意见Why the Berendsen thermostat was applied?怎么回复?
(评阅+1)
(5/1262)
邓芳
2014-02-20
2014-02-24 05:27:34
by
oxox6085
[
Gromacs
]
[已完结]
用amber制作小分子力场时如何处理小分子的局部电荷和原子类型等参数
(评阅+1)
(0/1244)
白云鹤TJY
2014-02-22
2014-02-22 19:52:40
by
白云鹤TJY
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:运行了gromacs,想查看体系的总原子数和水分子数!
(评阅+1)
(4/1420)
moye1991
2014-02-19
2014-02-21 10:08:38
by
moye1991
[
Gromacs
]
[已完结]
求助!查看gromacs的拉伸过程VMD崩溃!
(评阅+1)
(6/1606)
xueer小雯
2014-02-19
2014-02-19 21:00:13
by
xueer小雯
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 进行模拟时最初的准备文件有哪四个?
(评阅+1)
(1/467)
lifeisall
2014-02-19
2014-02-19 19:02:58
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
这每一列都说明是什么意思?
(评阅+1)
(2/346)
lifeisall
2014-02-18
2014-02-18 21:44:10
by
lifeisall
[
Gromacs
]
AMBER力场 improper 参数 在NAMD中不能被读入(0 IMPROPER)
(评阅+1)
(4/1361)
vip_zzc
2014-02-18
2014-02-18 21:22:52
by
vip_zzc
[
Gromacs
]
[已完结]
CHARMM力场有极化力场版本吗?
(评阅+6)
(0/856)
lordlina
2014-02-18
2014-02-18 19:37:09
by
lordlina
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:gromacs怎么修改运行时间?
(评阅+1)
(2/1459)
moye1991
2014-02-18
2014-02-18 18:23:39
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
harmonic restraint parameters 的大小问题
(评阅+1)
(0/519)
fxpy631
2014-02-15
2014-02-15 21:25:39
by
fxpy631
[
Gromacs
]
[已完结]
怎样把膜的pdb文件转换成gro文件?
(评阅+1)
(9/3522)
anyachan
2014-02-12
2014-02-14 08:44:38
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
菜鸟。请问如何用gromacs模拟,水和油不容分层??
(评阅+2)
(4/1221)
kikumaru818
2014-01-30
2014-02-11 02:42:58
by
kikumaru818
[
Gromacs
]
[已完结]
有人模拟聚合物的溶胀吗
(评阅+1)
(6/1836)
little_lion
2014-01-13
2014-02-10 10:41:56
by
staventchoke
[
Gromacs
]
请大神指点用分子动力学软件模拟金属离子(主要是汞、砷等元素)在水溶液中的结构
(评阅+1)
(1/956)
commandow
2014-01-27
2014-01-29 09:29:45
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 如何选出基团附近特定范围内的分子
(评阅+1)
(6/1014)
quantumzx
2014-01-28
2014-01-29 08:55:12
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
求amber 10 或 amber 11软件
(6/1700)
wangz00
2013-04-06
2014-01-23 07:19:16
by
lao7
[
Gromacs
]
[已完结]
求助AMBER10的安装指导,拜托各位,感谢
(模拟EPI+1)
(7/1896)
cfmzxf84
2012-02-15
2014-01-20 18:15:28
by
lao7
[
Gromacs
]
[已完结]
AMBER跑MD想同时加多个restraint,碰到的问题?
(评阅+1)
(2/858)
陈闹钟
2014-01-13
2014-01-18 10:28:24
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
amber 加中性化离子遇到问题
(评阅+1)
(3/658)
lifeisall
2014-01-17
2014-01-17 19:18:11
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
有关建DMSO溶剂盒子的问题
(评阅+1)
(3/1021)
wangshuang533
2014-01-15
2014-01-17 14:27:37
by
wangshuang533
[
Gromacs
]
[已完结]
新手求助,混合溶剂如何模拟使得溶液不固定坐标,可以移动???
(评阅+1)
(0/292)
kikumaru818
2014-01-16
2014-01-16 21:29:33
by
kikumaru818
[
Gromacs
]
有没有大牛总结一下分子模拟需要准备哪些参数以及如何准备
(评阅+1)
(1/371)
jackymiao
2014-01-08
2014-01-16 19:16:44
by
nature31
[
Gromacs
]
[已完结]
新手求教:怎么在GROMACS下实现并行计算?怎么看用了几个CPU?
(评阅+1)
(4/2030)
moye1991
2014-01-15
2014-01-15 14:12:48
by
moye1991
[
Gromacs
]
请问各位前辈,能不能在Gromacs中使用dreiding force field?
(评阅+1)
(4/1141)
小溪yy潺潺
2014-01-14
2014-01-14 16:15:41
by
小溪yy潺潺
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么生成oplsaa力场的top文件
(评阅+1)
(3/1542)
little_lion
2014-01-09
2014-01-14 15:25:41
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
请问哪个版本的Gromacs有opls-ua或其他的联合原子力场?
(评阅+1)
(1/1021)
tim562944200
2014-01-13
2014-01-13 19:19:42
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
急求:gromacs各种能量计算
(评阅+1)
(3/1354)
邓芳
2014-01-11
2014-01-13 16:14:25
by
870277182
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中的oplsaa是什么版本,2001or2005
(6/1393)
gsln
2013-04-18
2014-01-13 12:24:21
by
tim562944200
[
Gromacs
]
[已完结]
请问如何用amber进行π-π相互作用的分析
(评阅+1)
(7/1582)
syd89522
2013-12-11
2014-01-11 19:45:56
by
caixin5120
[
Gromacs
]
[已完结]
安装GROMACS前 我安装lam-7.1.4的一些问题,求大神回答
(评阅+1)
(0/306)
zhangjinsi
2014-01-09
2014-01-09 13:43:55
by
zhangjinsi
[
Gromacs
]
[已完结]
想学一下shell脚本 请问从哪里入手
(评阅+1)
(5/969)
lifeisall
2014-01-03
2014-01-07 15:23:32
by
836449366
[
Gromacs
]
[已完结]
在charmm27立场文件里面,找不到需要的力场参数 怎么办?
(评阅+1)
(5/1977)
小仆人
2013-10-08
2014-01-07 11:38:16
by
小仆人
[
Gromacs
]
有人搞gmx分析部分的编程么
(评阅+1)
(41/1547)
little_lion
2014-01-03
2014-01-06 22:30:21
by
天涯sx
[
Gromacs
]
[已完结]
用学校并行计算机计算模拟,运行命令后界面可以关掉么
(评阅+1)
(2/419)
s6120610021
2014-01-06
2014-01-06 22:12:09
by
fangsteel
[
Gromacs
]
有用天津超算跑NAMD的虫子吗?
(评阅+1)
(0/334)
smutao
2014-01-04
2014-01-04 16:04:53
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
关于amber官网的第一个练习
(评阅+1)
(3/907)
lifeisall
2013-12-31
2014-01-02 19:08:01
by
小蜗牛8728
[
Gromacs
]
[已完结]
石墨烯上加甲基修饰,请问有人有合适的力场参数么,谢谢!(最好有文献出处)
(评阅+1)
(1/398)
fangsteel
2014-01-01
2014-01-02 09:22:56
by
笑笑愁
[
Gromacs
]
[已完结]
请问哪里可以找到多氯联苯的分子立场文件
(评阅+1)
(2/380)
29050801
2013-12-30
2013-12-31 20:02:54
by
29050801
[
Gromacs
]
交流一下c语言或者Fortran语言怎么应用于namd中
(11/1168)
cuiyoutian88
2011-11-01
2013-12-31 14:35:53
by
小星星诶zhx
[
Gromacs
]
【其他】NAMD
(评阅+1)
(2/454)
zhang727626
2010-11-02
2013-12-31 11:38:16
by
小星星诶zhx
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs 模拟碳纳米管
(评阅+1)
(0/429)
memgr
2013-12-30
2013-12-30 09:36:08
by
memgr
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
如何将amber计算出的两个Cα距离画成距离频率直方图
(评阅+6)
(0/401)
zjahu
2013-12-29
2013-12-29 21:59:55
by
zjahu
[
Gromacs
]
[已完结]
Ne的非键范德华参数
(
1
2
)
(评阅+1)
(15/1873)
gx730
2013-12-25
2013-12-26 16:35:35
by
gx730
[
Gromacs
]
[已完结]
vmdICE的实用
(1/392)
lmzxcom1
2012-08-17
2013-12-26 13:45:27
by
菲常亦可
[
Gromacs
]
分子动力学投稿咨询
(评阅+1)
(4/1229)
蓝洛水seven
2013-12-04
2013-12-26 10:50:16
by
zhqchs
[
Gromacs
]
[已完结]
求助
(评阅+1)
(2/395)
XUEZEXU
2013-11-20
2013-12-26 10:33:14
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
[已完结]
合并pdb和psf报错
(评阅+1)
(4/894)
broken1999
2013-12-23
2013-12-26 10:30:28
by
jiaoyixiong
[
Gromacs
]
【原创】水中的溶菌酶ppt,上贴有点问题
(7/396)
Youngchsh
2011-03-22
2013-12-25 15:18:12
by
飞天小红猪
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD平衡过程分子溢出周期水环境
(
1
2
)
(评阅+1)
(10/1114)
29050801
2013-12-21
2013-12-25 08:17:23
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
关于NPT控压器的疑问
(8/2127)
周_周
2013-09-27
2013-12-24 07:17:18
by
周_周
[
Gromacs
]
[已完结]
谁能提供个氧气的力场参数
(评阅+1)
(3/877)
vallen
2013-12-21
2013-12-22 18:37:34
by
voleyes
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs做pulling MD 分子不动怎么回事?
(评阅+1)
(1/784)
vallen
2013-12-19
2013-12-21 23:31:44
by
smutao
[
Gromacs
]
【求助】如何对轨迹文件取平均构象
(评阅+1)
(4/1221)
jhonsmith001
2010-10-15
2013-12-21 12:44:28
by
菲常亦可
[
Gromacs
]
[已完结]
哪位大神能传份并行脚本gr.pbs文件给我?
(评阅+1)
(2/779)
三木713
2013-12-20
2013-12-20 15:40:21
by
三木713
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
l利用VMD添加多个溶质分子
(评阅+6)
(4/1602)
shijipei
2013-12-10
2013-12-20 09:42:46
by
29050801
[
Gromacs
]
蛋白跑出水盒子外边了
(评阅+1)
(9/2991)
qingtian510
2013-11-21
2013-12-18 20:18:10
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
g_current的问题
(评阅+1)
(0/395)
Alauvia
2013-12-17
2013-12-17 22:22:15
by
Alauvia
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
grace画rmsd随时间变化的图怎么做
(评阅+1)
(3/1354)
菲常亦可
2013-12-15
2013-12-16 19:47:42
by
山羊2b
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
[AMBER] Missing BELE for MM in 1 ( residue 1)
(评阅+1)
(1/477)
keke_1210
2013-12-14
2013-12-14 17:16:02
by
keke_1210
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
gromacs做蛋白残基突变的热力学积分(TI)计算问题
(评阅+1)
(0/675)
lmyiop
2013-12-14
2013-12-14 14:28:01
by
lmyiop
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
combine.tcl问题
(评阅+1)
(0/408)
zxl102623
2013-12-10
2013-12-10 13:57:22
by
zxl102623
[
Gromacs
]
分子模拟投中国生物医学工程学报
(评阅+1)
(2/627)
蓝洛水seven
2013-12-09
2013-12-09 14:40:35
by
hanhan1020
[
Gromacs
]
[已完结]
如何重新分配resID
(评阅+1)
(2/370)
29050801
2013-12-07
2013-12-09 09:55:28
by
29050801
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber中怎么规定求哪几个原子的键长、键角、二面角
(5/1094)
jianluo90
2013-12-04
2013-12-06 17:23:39
by
Sean2010
[
Gromacs
]
蛋白质动力学模拟有什么中文核心可以投呀。
(2/539)
wanglang1987
2013-06-17
2013-12-04 17:28:52
by
wanglang1987
[
Gromacs
]
[已完结]
使用antechamber生成resp电荷时报错
(6/2742)
梦里晓诗
2012-12-17
2013-12-04 12:25:29
by
139564@chen
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
NAMD 怎样计算膜的疏水性宽度
(评阅+1)
(1/345)
yylcx
2013-12-03
2013-12-03 19:46:00
by
yylcx
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
vlimit exceeded for step 8367; vmax = 22.4965(amber,MD过程中出现错误)
(评阅+1)
(0/2279)
陈闹钟
2013-12-03
2013-12-03 18:54:39
by
陈闹钟
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
分子动力学投稿杂志咨询
(评阅+1)
(7/1427)
蓝洛水seven
2013-11-18
2013-12-03 16:55:46
by
蓝洛水seven
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
聚合物100nm界面模型建立
(评阅+1)
(2/736)
贺仪
2013-12-02
2013-12-03 13:47:10
by
贺仪
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