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NAMD在Ubantu系统运行老是死机
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各位大神： 小弟第一次尝试用NAMD做MD，在能量最小化时老是死机，猜测可能是输出的log文件过大，但具体什么原因请求大神帮助！！！附conf文件如下： #forcefield paratypecharmm on parameters /home/cadd/***/***/par_all27_prot_lipid.inp #molecules structure /home/cadd/***/***/ions_added.psf coordinates /home/cadd/***/***/ions_added.pdb temperature 310 #temp & pressure coupling langevin on langevinTemp 310 langevinDamping 1 useGroupPressure yes useFlexibleCell no LangevinPiston on LangevinPistonTarget 1 LangevinPistonPeriod 200 LangevinPistonDecay 100 LangevinPistonTemp 310 langevinHydrogen off #output outputname restr_min_nachr outputEnergies 500 restartfreq 500 DCDfreq 500 wrapWater on outputPressure 500 #integrator timestep 2 nonbondedFreq 10 fullElectFrequency 10 stepspercycle 100 #approximations rigidBonds all cutoff 9 switching on switchdist 9 pairlistdist 10 exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 # 1.0 for Charmm, 0.833333 for Amber PME on cellBasisVector1 99.0 0 0 cellBasisVector2 0 120.0 0 cellBasisVector3 0 0 116.0 CellOrigin -11.34 -27.52 -13.18 PMEGridSizeX 100 PMEGridSizeY 120 PMEGridSizeZ 120 minimize 1000 run 5000 |
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