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至尊木虫 (著名写手)

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在线: 100.6小时
虫号: 1871467

[交流] NAMD在Ubantu系统运行老是死机

各位大神：
   小弟第一次尝试用NAMD做MD，在能量最小化时老是死机，猜测可能是输出的log文件过大，但具体什么原因请求大神帮助！！！附conf文件如下：
#forcefield
paratypecharmm    on
parameters       /home/cadd/***/***/par_all27_prot_lipid.inp

#molecules
structure       /home/cadd/***/***/ions_added.psf
coordinates       /home/cadd/***/***/ions_added.pdb

temperature       310

#temp & pressure coupling
langevin          on
langevinTemp       310
langevinDamping    1
useGroupPressure    yes
useFlexibleCell    no
LangevinPiston    on
LangevinPistonTarget 1
LangevinPistonPeriod 200
LangevinPistonDecay  100
LangevinPistonTemp 310
langevinHydrogen    off

#output
outputname       restr_min_nachr
outputEnergies    500
restartfreq       500
DCDfreq          500
wrapWater       on
outputPressure    500

#integrator
timestep          2
nonbondedFreq    10
fullElectFrequency 10
stepspercycle    100

#approximations
rigidBonds       all
cutoff          9
switching       on
switchdist       9
pairlistdist    10
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0 # 1.0 for Charmm, 0.833333 for Amber
PME             on
cellBasisVector1 99.0 0 0
cellBasisVector2 0 120.0 0
cellBasisVector3 0 0 116.0
CellOrigin       -11.34 -27.52 -13.18
PMEGridSizeX    100
PMEGridSizeY    120
PMEGridSizeZ    120

minimize 1000

run    5000

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1楼 2014-03-10 09:13:52

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