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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 有关建DMSO溶剂盒子的问题
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wangshuang533

银虫 (小有名气)

[求助] 有关建DMSO溶剂盒子的问题 已有1人参与

请教各位大侠如何建立DMSO溶剂盒子啊？我下了packmol，但是貌似也是只能建水盒子的吧？在VMD中有一个溶剂插件，但是生成水盒子以外的溶剂盒子好像也不行。我手上有现成的DMSO盒子的pdb，psf和top文件。但是我想把盒子的尺寸改一下，把原本的尺寸在x，z轴上缩小，在y上加长。不知道哪位大侠能帮帮忙呢。先谢谢各位了！
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木虫上的守望者！
1楼 2014-01-15 14:01:10
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-16 09:48:31
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-15 16:21:33
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wangshuang533

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-01-15 16:21:33
你使用的是charm力场吗？
使用vmd console 的
measure center/minmax

是要用到这个，不过光这个不行。
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木虫上的守望者！
3楼2014-01-17 14:26:34
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wangshuang533

银虫 (小有名气)
我已经解决了，还是只用VMD，是一些比较繁琐的方法加起来。比较麻烦，但是最终还是成功的解决了。
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木虫上的守望者！
4楼2014-01-17 14:27:37
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