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_蝶飞

铜虫 (小有名气)

[求助] GROMACS模拟蛋白质与小分子的复合体系

请教各位大神,用GROMAC模拟蛋白质与药物的复合体系时,在讲义中,都是抽取蛋白质原先的配体进行模拟讲解,此配体都在蛋白质的内部。但是如果是新的蛋白和新的小分子进行模拟,VMD观察到小分子与蛋白质是有一定距离的,这样子是不是正确的呢?模拟完结果怎么分析?多谢多谢~~!
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