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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子模拟超分子聚集，求指教！
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cao.qin

木虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟超分子聚集，求指教！

本人是高分子材料专业，最近做的一个体系是利用32个氨基酸的多肽与两亲性二肽进行组装形成粒径约200nm的超分子聚集体，其主要相互作用为亲疏水相互作用以及正负电荷相互作用。我想问问各位大侠，我这个体系能否利用分子模拟来更直观的了解他们是如何聚集的，有没有比较适合的分子模拟软件！在此先感谢各位，希望大家多多指点。
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能为别人设想的人，永远不寂寞
1楼2013-09-12 09:18:17
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cao.qin: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-09-12 20:09:31
gromacs 和NAMD 都可以模拟氨基酸，蛋白质等生物大分子，

问题是“200nm的超分子聚集体”这样的模拟体系会很大很大吧？得多强的计算资源才能算下来吧。
你先估算一下，你的模拟体系有多少个原子，看看你有多少计算资源吧
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2楼2013-09-12 11:27:10
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cao.qin

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-12 11:27:10
gromacs 和NAMD 都可以模拟氨基酸，蛋白质等生物大分子，

问题是“200nm的超分子聚集体”这样的模拟体系会很大很大吧？得多强的计算资源才能算下来吧。
你先估算一下，你的模拟体系有多少个原子，看看你有多少计 ...

我就是不太懂这个，按我们老板的意思是好像很简单，他说一个星期就能搞定。那如果我们不模拟整个聚集体体系，只是模拟多肽与蛋白质的相互作用呢？
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能为别人设想的人，永远不寂寞
3楼2013-09-12 20:11:40
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baobeizongzz
祝福祝福
4楼2013-09-12 20:38:14
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kingchensi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cao.qin at 2013-09-12 20:11:40
我就是不太懂这个，按我们老板的意思是好像很简单，他说一个星期就能搞定。那如果我们不模拟整个聚集体体系，只是模拟多肽与蛋白质的相互作用呢？...

2楼说的对，2楼是专家，这个体系确实不小啊，虽然我只懂个毛皮，可是32个氨基酸已经很大了
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热烈欢迎同行一起探讨！
5楼2013-09-25 10:55:32
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