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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)

[求助] 用amber制作小分子力场时如何处理小分子的局部电荷和原子类型等参数

现在急需用amber制作一个小分子的charmm力场参数，费老大劲找到小分子的charmm力场下局部电荷和原子类型参数，但是按照教程中给的步骤进行制作过程，不知道怎么使用这些电荷和原子类型参数，哪位大神给帮忙指导一下，谢谢！参数如下所示
Group Atom                            Type      Charge
CH3 Head Group                      CT3       -0.395306
CH3 Head Group                       HC        0.123234
NO Head Group                         NO       0.740399
NO Head Group                         ON       -0.692687
First CH2 Hydrophobic Tail        CT2      -0.255242
First CH2 Hydrophobic Tail         HC        0.065024
Second CH2 Hydrophobic Tail    CT2      0.224586
Second CH2 Hydrophobic Tail    HC         0.004149
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
1楼 2014-02-22 19:52:40
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