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用amber制作小分子力场时如何处理小分子的局部电荷和原子类型等参数
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现在急需用amber制作一个小分子的charmm力场参数，费老大劲找到小分子的charmm力场下局部电荷和原子类型参数，但是按照教程中给的步骤进行制作过程，不知道怎么使用这些电荷和原子类型参数，哪位大神给帮忙指导一下，谢谢！参数如下所示 Group Atom Type Charge CH3 Head Group CT3 -0.395306 CH3 Head Group HC 0.123234 NO Head Group NO 0.740399 NO Head Group ON -0.692687 First CH2 Hydrophobic Tail CT2 -0.255242 First CH2 Hydrophobic Tail HC 0.065024 Second CH2 Hydrophobic Tail CT2 0.224586 Second CH2 Hydrophobic Tail HC 0.004149 |
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