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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 如何计算下面几个有机小分子的大小？
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lynchpku

金虫 (正式写手)

[求助] 如何计算下面几个有机小分子的大小？

本人对模拟完全是门外汉。呵呵。
现在课题需要计算几个分子结构。一个是油酸分子，一个是胆固醇分子。（下图附件）想知道它们的分子大小。
另外还想知道如果单纯一个烷基分子大概要多少个C原子的长度能够与这两个分子相当？
最好能详细点的计算步骤，谢谢！

如果有大侠能算好，我将不胜感激。呵呵
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1楼2011-12-21 10:42:54
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lynchpku

金虫 (正式写手)
补充一下，手头有 Chem 3D。不过不知道怎么算？
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2楼2011-12-21 10:48:48
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chf220284

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 15:02:43
lynchpku(金币+5): ★有帮助 谢谢，来回粘贴时少了个甲基，呵呵 2011-12-23 14:51:03
lynchpku(金币+5): ★有帮助 2011-12-26 09:56:47
我虽不会算，但是提醒楼主一下，第二个不是胆固醇。长支链少了一个碳。3位的取代基处于α还是β位应该对分子长度也有影响。
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3楼2011-12-22 11:23:34
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chf220284

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 2011-12-26 10:18:23
选择两端的原子。右键点击其中一个。右键菜单最后一个：Display Distance Measurement

测距离
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lynchpku
4楼2011-12-22 11:45:44
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 20:40:01
lynchpku(金币+10): ★★★很有帮助 果然专家啊！不过确实不是很懂，还是要谢谢你。看来计算化学博大精深啊！ 2011-12-23 14:54:16
用Gaussian03/09.

注意，这些分子比较大，最好先上网寻找相应的晶体结构pdb或者cif文件。
否则优化困难或者优化到不自然的结构去，算了体积也用处不大。
如果有pdb或者cif文件了，固定重原子简单
优化一下氢原子即可。或者用低精度方法简单优化一下。
然后加关键字
Volume
即可在输出文件中读出分子体积。

当然，如果对结果要求不高，直接拿pdf或者cif文件算一下也可。
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5楼2011-12-22 19:58:52
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lynchpku

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by chf220284 at 2011-12-22 11:45:44:
选择两端的原子。右键点击其中一个。右键菜单最后一个：Display Distance Measurement

测距离

恩，正是我想要的。不过不知道为啥不能给奖励呢？先送剁鲜花表示感谢吧！
另外还有个小问题，测量前是否需要能量优化？好像有个MM2的？
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6楼2011-12-23 14:52:37
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-26 10:19:04
引用回帖:
6楼: Originally posted by lynchpku at 2011-12-23 14:52:37:
恩，正是我想要的。不过不知道为啥不能给奖励呢？先送剁鲜花表示感谢吧！
另外还有个小问题，测量前是否需要能量优化？好像有个MM2的？

分子性质受几何结构影响比较大，推荐先优化一下。
如果是下载到的结构，优化H原子就可以了。否则推荐全部优化。
感觉mm2可能可以优化到比较合理的结构。
不过还是推荐用个CHARMM、GROMOS、OPLS力场之类的优化一下。
或者用AM1、PM3之类的半经验也好。
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7楼2011-12-23 15:34:53
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2011-12-24 19:59:06
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-26 10:19:22
引用回帖:
7楼: Originally posted by yongleli at 2011-12-23 15:34:53:
分子性质受几何结构影响比较大，推荐先优化一下。
如果是下载到的结构，优化H原子就可以了。否则推荐全部优化。
感觉mm2可能可以优化到比较合理的结构。
不过还是推荐用个CHARMM、GROMOS、OPLS力场之类的优化 ...

对了，Chem3D可以跟GAMESS或者Gaussian联用，
推荐用B3LYP/6-31G*水平计算，再加一个关键字volume。
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lynchpku
8楼2011-12-23 15:37:00
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lynchpku

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by yongleli at 2011-12-23 15:37:00:
对了，Chem3D可以跟GAMESS或者Gaussian联用，
推荐用B3LYP/6-31G*水平计算，再加一个关键字volume。

好的。学习了，我先自己鼓捣鼓捣，不行的话再来向大侠请教！！
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9楼2011-12-26 09:59:44
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caoyan921

新虫 (正式写手)
大哥，请问您算出来了吗？
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10楼2017-11-18 15:27:20
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