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lynchpku金虫 (正式写手)
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如何计算下面几个有机小分子的大小？
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本人对模拟完全是门外汉。呵呵。 现在课题需要计算几个分子结构。一个是油酸分子，一个是胆固醇分子。（下图附件）想知道它们的分子大小。 另外还想知道如果单纯一个烷基分子大概要多少个C原子的长度能够与这两个分子相当？ 最好能详细点的计算步骤，谢谢！  如果有大侠能算好，我将不胜感激。呵呵  |
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 核壳催化剂2013-09-23 | 不错的帖子 |
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yongleli
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 20:40:01
lynchpku(金币+10): ★★★很有帮助 果然专家啊！不过确实不是很懂，还是要谢谢你。看来计算化学博大精深啊！ 2011-12-23 14:54:16
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jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-22 20:40:01
lynchpku(金币+10): ★★★很有帮助 果然专家啊！不过确实不是很懂，还是要谢谢你。看来计算化学博大精深啊！ 2011-12-23 14:54:16
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用Gaussian03/09. 注意，这些分子比较大，最好先上网寻找相应的晶体结构pdb或者cif文件。 否则优化困难或者优化到不自然的结构去，算了体积也用处不大。 如果有pdb或者cif文件了，固定重原子简单 优化一下氢原子即可。或者用低精度方法简单优化一下。 然后加关键字 Volume 即可在输出文件中读出分子体积。 当然，如果对结果要求不高，直接拿pdf或者cif文件算一下也可。 |
5楼2011-12-22 19:58:52
lynchpku
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3楼2011-12-22 11:23:34
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lynchpku4楼2011-12-22 11:45:44
