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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】帮忙算一个有机小分子的长度和宽度
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bingling1012

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】帮忙算一个有机小分子的长度和宽度

请高手帮忙计算一下这个有机小分子的长度和宽度，好像是用高斯理论算的，先谢过了！
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1楼 2011-01-18 20:22:34
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)
分子的长度和宽度？该怎么定义？不懂的飘过...
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2楼2011-01-18 21:14:28
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sunhaitao

木虫 (小有名气)
请教算长度和宽度作甚？
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3楼2011-01-18 22:13:11
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bingling1012

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bingling1012 at 2011-01-18 20:22:34:
请高手帮忙计算一下这个有机小分子的长度和宽度，好像是用高斯理论算的，先谢过了！

好像可以按直链来计算，应该在二十几个埃，看见过类似的小分子，人家的文章中都算出了分子长度。
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4楼2011-01-19 08:41:29
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bingling1012 at 2011-01-18 20:22:34:
请高手帮忙计算一下这个有机小分子的长度和宽度，好像是用高斯理论算的，先谢过了！

我觉得可以这样作：由高斯用小基组算一下这个分子，可以得到fch文件，将fch用cubegen或者multiwfn求一次电荷密度，让程序自选格点参数，就会自动得到xyz三个方向的长度。

这是量子化学的长度。因为最边缘的原子，它的波函数还会延展几个埃，这种波函数延展，也是分子起作用的距离，不也是要考虑到分子的长度里面吗？高斯充分考虑了这种延展。（当然高斯考虑装下这个分子时的空间会过大一些，会多出几埃，但对于这么长的分子，这几埃也算不了什么。何况波函数在空间的延展理论上是无限的。）

[ Last edited by zhou2009 on 2011-1-19 at 09:39 ]
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5楼2011-01-19 09:08:57
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bingling1012

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-01-19 09:08:57:


我觉得可以这样作：由高斯用小基组算一下这个分子，可以得到fch文件，将fch用cubegen或者multiwfn求一次电荷密度，让程序自选格点参数，就会自动得到xyz三个方向的长度。

这是量子化学的长度。因为最边缘的 ...

谢谢版主的解答，只是不知道能否帮我算一下呢，我对这些东西了解的很少而且软件都没有，我可以增加金币的，先谢了！
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6楼2011-01-19 16:41:16
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bingling1012 at 2011-01-19 16:41:16:

谢谢版主的解答，只是不知道能否帮我算一下呢，我对这些东西了解的很少而且软件都没有，我可以增加金币的，先谢了！

我起码十天之内不能算题，要外出。
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7楼2011-01-19 17:11:36
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bingling1012

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhou2009 at 2011-01-19 17:11:36:


我起码十天之内不能算题，要外出。

没关系的，我不是很急，等你有时间的时候再帮我算吧，谢谢啦！
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8楼2011-01-19 20:44:40
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匿名

用户注销 (著名写手)
★ ★
zhou2009(金币+2): 说得对! 2011-01-20 07:16:53
本帖仅楼主可见
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9楼2011-01-19 21:14:02
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bingling1012

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ganlh at 2011-01-19 21:14:02:
这是非刚性结构，长度算来貌似没有多大参考意义。
只要有Chem3D或Hyperchem 构造好之后，几分钟就得到大致的结果，用Gaussian软件算没有必要。

哦，这样啊，不知道能不能说的再详细点呢，是要把它的空间结构画出来吗？
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10楼2011-01-20 08:31:10
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minisun

金虫 (正式写手)
★
zhou2009(金币+1): 2011-01-25 08:57:13
bingling1012(金币+5): 2011-02-22 08:19:24
引用回帖:
Originally posted by bingling1012 at 2011-01-20 08:31:10:

哦，这样啊，不知道能不能说的再详细点呢，是要把它的空间结构画出来吗？

在chemdraw中画出分子结构，拷进chem3D中，用最简单的方法优化一下，然后在笛卡尔坐标下你就能估计出分子的长度和宽度了
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12楼2011-01-24 19:41:44
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bingling1012

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by minisun at 2011-01-24 11:41:44:
在chemdraw中画出分子结构，拷进chem3D中，用最简单的方法优化一下，然后在笛卡尔坐标下你就能估计出分子的长度和宽度了

不好意思， 因为放假回家了所以这么久才回复，谢啦！

[ Last edited by bingling1012 on 2011-2-22 at 08:20 ]
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13楼2011-02-22 08:19:13
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pumf

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by minisun at 2011-01-24 19:41:44:
在chemdraw中画出分子结构，拷进chem3D中，用最简单的方法优化一下，然后在笛卡尔坐标下你就能估计出分子的长度和宽度了

您好，在Chem3d中，优化了一个分子后，怎么出现笛卡尔坐标啊？多谢啦？
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14楼2011-12-08 10:45:29
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ganlh11楼
2011-01-20 09:27   回复  
引用回帖:
Originally posted by bingling1012 at 2011-01-20 08:31:10: 哦，这样啊，不知道能不能说的再详细点呢，是要把它的空间结构画出来吗？

是
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